استهل ممثل النيابة العامة في مرافعته ضد متهمى القضية المعروفة إعلاميًا ب"خلية الصواريخ" بقوله: "نقف اليوم في هذه القاعة المقدسة نسمع خارجها صوت طلقات الأعيرة النارية التي تخترق الأجساد، وصوت النحيب على فراق الأهل والأحباب، لما اقترفته جماعات الإثم والإرهاب من استباحة الأنفس والأموال، فهي جماعات ضلت الطريق وأرادت أن تطوع الإسلام وفقًا لأهوائها، واتخذت من الدين الحنيف مظهرا وستارا لها، ولكن إذا ما علمنا خباياهم لأدركنا أنهم كاذبون ومنافقون، يبتغون فقط التجارة بالأديان. وتابع: "من بينهم من أطلق لحيته وزعم أنه يريد الجهاد في سبيل الله، فبإسم الدين قتلت تلك الجماعات المدنيين العزل والمجندين والضباط والأقباط، وبإسم الدين وسعيًا وراء خضوع البلاد لهم، فقد قتلوا النائب العام الشهيد هشام بركات، لإرهاب القضاة ومنعهم من الجلوس على منصتهم، ونحن وعلى الرغم من حزننا لم تسقط عزيمتنا أمام هؤلاء، ولا زالت أصواتنا بالحق عالية ونحن بجانبه واقفون". واستطرد: "أقول لهولاء الضالين سواء القابعين منهم داخل القفص أو بخارجه ممن يسمون أنفسهم بالإسلاميين: أحرقوا ما شئتم وأقتلوا ما شئتم ولكنكم لن تكتمون صوت الحق ولن تمنعوا المحكمة من أداء رسالتها بالتفوه بعبارة "حكمت المحكمة" ومن ثم الحكم عليكم بما تستحقون. ووجه حديثه إلى هيئة المحكمة قائلا: "قدمنا أمام عدلكم الأوراق من أجل نظرها والبت فيها، ورسالتنا هي الوقوف أمامكم للإدلاء بالمرافعة الشفوية، فقدركم أن تجلسوا على منصة المحكمة العالية وأن تنظروا آلام الوطن، وأن تحققوا بالقضية مرورا بالاستماع إلى مرافعة الدفاع في سبيل البحث عن الحقيقة والنطق بالحكم العادل. وأسندت النيابة للمتهمين في القضية وعددهم 36 متهماً، من بينهم 12 متهماً هارباً، عددًا من الاتهامات، على رأسها: إدارة جماعة أسست على خلاف القانون الغرض منها تعطيل أحكام الدستور، ومنع مؤسسات الدولة من ممارسة أعمالها، بالإضافة لحيازة أسلحة غير مرخصة وقنابل ومتفجرات، فضلًا عن الشروع في قتل أحد الأشخاص.