حاول بعض المتواجدين خارج كاتدرائية العباسية اقتحام البوابة الخاصة بكبار الزوار، وذلك للدخول وحضور مراسم توديع قداسة البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية. وينقل جثمان البابا شنودة بعد الجنازة بسيارات تابعة للقوات المسلحة إلى مطار ألماظة العسكري، حيث ينقل بطائرة عسكرية إلى دير الأنبا بيشوي بوادي النطرون، حيث أوصى بدفنه هناك.