كشفت التحقيقات الأولية لمباحث أمن الدولة مع الخلية التى قامت بتنفيذ تفجيرات الحسين، عن أكثر من مفاجأة، حيث تبين أن اللواء حبيب العادلى وزير الداخلية، تابع بنفسه التحقيقات التى أجريت مع المتهمين لحظة بلحظة، عبر شاشات عرض كبيرة تم توصيلها إليه من مقر مباحث أمن الدولة إلى مكتبه مباشرة. وتبين من التحقيقات أن الخلية، تضم ثلاثة فلسطينيين وثلاثة من جنسيات أوروبية مختلفة خططوا ونفذوا للعملية قبل حدوثها بشهرين، عن طريق الاستعانة بأحد المنازل القديمة بمنطقة الحسين أقاموا به طوال المدة السابقة على تنفيذ العملية، وتم العثور معهم على أجهزة ومواد تفجيرية تساعد على تصنيع القنابل اليدوية، بالإضافة لسيارة حمراء اللون، تم استخدامها فى تنقلاتهم، بين مناطق الأزهر والحسين والأحياء المجاورة لهما. وكشفت التحقيقات التى أجرتها مباحث أمن الدولة مع المتهمين عن مفارقة طريفة، حيث تبين أن اللواء فاروق لاشين، مدير مباحث العاصمة، أثناء وجوده فى أحد الكمائن بالقاهرة، اشتبه فى ثلاثة من المتهمين تبين أنهم فلسطينيون، عقب انقلاب السيارة التى كانت تقلهم، بالقرب من الكمين، حيث فوجئ لاشين وأفراد الكمين بمحاولة هروب المتهمين بعد أن سيطرت عليهم حالة من الارتباك الشديد، وبسؤالهم تبين أنهم كانوا بموقع الحادث وقت الانفجار فألقى القبض عليهم. وباقتيادهم لمديرية أمن القاهرة، طلب اللواء إسماعيل الشاعر إسعاف المتهمين أوليا، وإحضار فريق طبى كامل لمعالجتهم من الجروح التى أصابتهم جراء انقلاب السيارة بهم. وأثناء خضوع المتهمين للعلاج فوجئ الشاعر ولاشين، بقوة مكبرة من مباحث أمن الدولة تقتحم مديرية الأمن، وتطلب القبض على المتهمين الثلاثة لاتهامهم، بالضلوع فى تنفيذ تفجيرات الحسين. واعترض اللواء إسماعيل الشاعر على طلب قوة مباحث أمن الدولة، على اعتبار أن المنطقة التى وقعت بها التفجيرات تقع ضمن نطاق مديرية أمن القاهرة وأنهم أول من ألقى القبض على المتهمين، وبالتالى لا يمكن تسليمهم لأى جهة قبل خضوعهم لتحقيقات أولية بمقر المديرية. واضطر اللواء إسماعيل الشاعر، للاتصال باللواء حبيب العادلى وعرض عليه طلب مباحث أمن الدولة ومحاولتهم القبض على المتهمين من داخل مديرية الأمن فطلب العادلى من إسماعيل الشاعر، تسليم المتهمين فورا لقوة مباحث أمن الدولة، والتى قامت بإجراء تحقيقات مطولة معهم أشرف عليها وتابعها العادلى منذ البداية، وعلى مدى الشهرين الماضيين. ووجهت مباحث أمن الدولة للمتهمين، اتهامات بالتخطيط لاستهداف مناطق سياحية داخل البلاد وتنفيذ عمليات تفجيرية بها،عن طريق الاتصال والدعم من عناصر خارجية تهدف لزعزعة استقرار البلاد والعمل على قلب نظام الحكم.