بعد التدريب النظرى، التحق مهاب بإدارة مكافحة الإرهاب الدولى، أو «الجوهرة» كما يطلق عليها العاملون بالجهاز الأمنى، فالإدارة لا يلتحق بها إلا أرقى عناصر الشرطة فى مصر، «وممكن من كل 3 دفعات من الشرطة، يختاروا 5 أو 6 ضباط للانضمام ليها». مر مهاب بتدريب مكثف فى إدارة مكافحة الإرهاب جانب سجن طرة، أعقبها تدريبات كثيرة مشتركة مع قوات المارينز الأمريكية، وفرق مكافحة الإرهاب حول العالم. ضباط الإدارة هم أكفأ ضباط شرطة مصر فى الرماية والاقتحام والفنون القتالية، «اللى بيدخل الإدارة دى بيبقى زى الجراح فى الدقة وسرعة اتخاذ القرار»، فالهدف الرئيسى من الإدارة كان الاستعداد للتعامل مع حالات خطف الرهائن فى العمليات الإرهابية، كتحرير الرهائن لتحرير من عمليات اختطاف الطائرات على سبيل المثال. لكن الظروف التى كانت تشهدها مصر فى التسعينيات من تزايد الجماعات الإرهابية، أجبر الدولة على استخدام الوحدة لمواجهة الإرهاب الداخلى، ليشهد مهاب، لأول مرة، جرائم أمن الدولة أمام عينيه.