هنا قائمة بأكبر الكنائس الموجودة فى مصر، من حيث عدد الأتباع، بالإضافة إلى جماعات وكنائس أخرى، مثل الإنجليكان والكنيسة الأسقفية، والمعمدانية والخمسينية. الكنائس الأرثوذكسية المؤمنة بالطبيعة الواحدة الأقباط الأرثوذكس يتبعها قرابة ال90 % من المسيحيين المصريين، ويرأسها البطريرك الأنبا شنودة الثالث أسقف مدينة الإسكندرية المقر الدينى للطائفة، وتدار الكنيسة عمليا من الكاتدرائية الكبرى بالعباسية بالقاهرة، وهى صاحبة المساحة الأوسع على الإطلاق بين الكنائس المتعددة من المشاركة فى التاريخ الوطنى لمصر، ولها فضل عالمى فى تأسيس الرهبنة المسيحية وإرساء قواعدها. الأرمن الأرثوذكس يتبعها أغلب الأرمن المقيمون فى مصر والحاملون لجنسيتها منذ قرون وتعود جذور بعضهم إلى بدرالدين الجمالى أمير الجيوش الأرمنلى الأصل فى عهد الدولة الفاطمية، تقدر أعداد التابعين للطائفة ب50 ألف أرمانى. ومقر الطائفة فى الإسكندرية. الكنائس الأرثوذكسية المؤمنة بالطبيعتين (الكنائس الشرقية). كنيسة (الروم) الأرثوذوكس هى أشهر وأقدم كنائس الطبيعتين فى مصر، لا يتجاوز عدد أتباعها ال50 ألفا، وجزء كبير منهم الآن يعود لأصول شامية، وتتميز هذه الكنيسة بوجود أتباع لها فى عدد من محافظات مصر، وعلى رأسها دمياطوالشرقية وأسيوط بالإضافة إلى القاهرة والإسكندية، المقر الدينى ويرأسها البطريرك الأنبا ثيودورس الثانى بابا الإسكندرية. الكنائس الكاثوليكية الأقباط الكاثوليك ثانى أكبر الكنائس المصرية بعد الأقباط الأرثوذكس، ويتجاوز تعداد أتباعها ال250 ألفا جميعهم مصريون، ويرأسها البطريرك الأنبا أنطونيوس نجيب، ومقرها الدينى فى الإسكندرية، وتدار عمليا من كاتدرائية الأقباط الكاثوليك بالقاهرة، وتتبع الفاتيكان روحيا، وهى بوصفها كنيسة قبطية تقليدية تتبع نفس الطقس القبطى الذى يمارسة الكنيسة القبطية الأرثوذكسية. الروم الكاثوليك «الملكانيين» مع حلول القرن السادس عشر انفصلت الكنيسة الملكانية إلى كنيستين (أرثوذكس وكاثوليك) وامتدت كل منهما إلى الآن، ولا يتجاوز أتباع الكنيسة الملكانية الكاثوليكية ال25 ألفا ويرأسها المطران جون زريعى المارونية تعود تسميتها إلى القديس مارون، أحد نساك وادى جبلة فى لبنان وجميع أتباعها من الشوام ويرأسها الآن المطران فرانسوا عيد. الكلدان الكاثوليك كنيسة تضم العراقيين المقيمين فى مصر منذ قرون، ومقرها فى مصر بالكنيسة الحمرا بمصر الجديدة، ويرأسها المطران يوسف صراف، ونشأت فى القرن الخامس عشر عقب انشقاقها عن الكنيسة الأشورية. الأرمن الكاثوليك أدت موجات الاضطهاد التى تعرض لها الأرمن فى تركيا إلى زيادة أعدادهم مجددا فى مصر فى مطلع القرن العشرين، يرأس الطائفة فى مصر المطران كريكور أغسطينوس كوسا، الذى يقدر أتباع الطائفة ب15 ألف أرمانى (أغلبهم يحملون الجنسية المصرية المتوارثة منذ مئات السنين) وتصدر الطائفة العديد من الجرائد اليومية والأسبوعية. اللاتين الكاثوليك تتبع الطقس اللاتينى، أغلب أتباعها من المصريين، مقر كرسيها البطريركى القدس، يرأسها فى مصر المطران جوزيف بورزدو. الكنيسة الإنجيلية، مشيخية وغير مشيخية كنائس مجمع السنودس الإنجيلى والكنيسة القبطية الإنجيلية وهى أكبر الكنائس البروتستانتينية انتشارا فى مصر ويرأسها الآن القس صفوت البياضى. ويتجاوز تعداد اتباعها ال200 ألف.
