اشتكى أولياء أمور طلاب مدارس المتفوقين للعلوم والتكنولوجيا STEM من وجود مشاكل في تنسيق القبول بالجامعات الخاص بهؤلاء الطلاب، سواء في تأخير ظهور التنسيق الخاص بهم عن طلاب الثانوية العامة أو في توقف المنح المقدمة إليهم من الجامعات الخاصة والجامعات الأهلية. وفي شكوى رسمية يعرضها أولياء الأمور، قالوا: "طلاب مدارس ستيم هم صفوة طلاب الجمهورية فى المرحلة الإعدادية، فلكي ليدخلها الطالب لابد من حصوله على 98% فاكثر مع اجتياز اختبارات القدرات، وتتبع المدرسة نظاما تعليميا متميزا يهتم بالمعرفة والبحث العلمي والمشروعات البحثية التطبيقية، وثقل مهارات الطلاب في كل الجوانب العلمية، ولكن رغم طبيعتها المتميزة لطلابها إلا أن خريجيها يعانون التعنت والروتين في التعامل معهم كأنهم يعاقبون على تفوقهم ونبوغهم". وأضافوا أنه في حين ظهرت نتيجة تنسيق المرحلة الأولى للثانوية العامة لعام 2020 في 30 أغسطس، تأخرت نتيجة تنسيق مدارس المتفوقين حتى 12 أكتوبر، أى بعد إعلان نتيجة تنسيق المرحلة الثالثة من الثانوية العامة. وتابعوا في بيانهم: "هل من المعقول والمنطقي أن يظل خريجو تلك المدارس بعد ما عانوه من الضغط العصبي على مدار ثلاث سنوات من الدراسة والبحث وتنفيذ المشروعات البحثية والاغتراب عن أسرهم أن تستكمل معاناتهم عند التقدم للجامعات، ويظل هؤلاء الطلاب منتظرين التنسيق مع المرحلة الثالثة للثانوية العامة ليتلاعب بهم الجميع خلال ذلك وتضيع عليهم فرص التقديم للمدن الجامعية، وأيضا لا يستطيعون التقدم للكليات العسكرية التي تعقد اختبارات قبول، بالإضافة لالتحاق الطلاب للجامعة بعد بداية العام الدراسي، وهو إخلال بمبدأ تكافؤ الفرص"، مطالبين بسرعة إعلان نتيجة التنسيق الخاصة بهم مع طلاب الثانوية العامة. وأعربوا عن ضيقهم من عدم تنسيق وحدة مدارس المتفوقين "ستيم"، مع الجامعات الخاصة لإعطاء منح دراسية للطلبة كما كان يحدث من قبل، بجانب عدم شمول قرار المجلس الأعلى للجامعات تطبيق المنح على مدارس "ستيم" لعام 2020 رغم أنه في السنوات السابقة كان يوجد 240 منحة متنوعة لطلاب ستيم، بحسب قولهم. وناشد أولياء الأمور الرئيس عبد الفتاح السيسي التدخل لإنقاذ الطلبة المتفوقين خريجى مدارس "ستيم" بعودة المنح المقدمة من وزارة التعليم العالي، وأن تكون دراسة الطلاب بالجامعات متوائمة مع طبيعة دراستهم في مدارس المتفوقين للعلوم والتكنولوجيا.