شدد ممثلو الأزهر الشريف، في لجنة الخمسين لتعديل الدستور، على أن الأزهر الشريف هو أول من رفض "الدولة الدينية"، وأنها فكرة غير مطروحة في سياق الفكر المصري. وقال ممثلو الأزهر، في بيان أوردته وكالة أنباء الشرق الأوسط اليوم، إن دستور 71 نص على أن الشريعة الإسلامية هي المصدر الرئيسي للتشريع، ومن قبله نصت الدساتير على أن الإسلام دين الدولة، ومع ذلك لم تنحرف مصر للدولة الدينية بالمفهوم الكهنوتي، وإن النص على دين الدولة لا يعني نسب الدين للدولة إنما يعني أنه دين غالبية أهل الدولة، على حد تعبيرهم. وأشاروا إلى أن الأزهر الشريف أصدر وثيقته التاريخية في يونيو 2011، والتي أكد فيها على "ضرورة دعم تأسيس الدولة الوطنية الدستورية الديمقراطية الحديثة، اعتمادا على دستور ترتضيه الأمة ويفصل بين سلطات الدولة، في ظل تحديد إطار الحكم الذي يضمن الحقوق والواجبات لكل أفرادها على قدم المساواة، وأن الإسلام لا يعرف في تشريعاته ولا حضارته أو تاريخه ما يعرف ب (الدولة الكهنوتية) أو (الدولة الدينية)". وأكد ممثلو الأزهر الشريف في لجنة تعديل الدستور أن أخذ رأي هيئة كبار العلماء بالأزهر في الأمور المتعلقة بالشريعة يعد ضمانة للمجتمع المصري، وغلقا للباب أمام غير المختصين الذين يتحدثون باسم الدين، مشيرين إلى أن استخدام عبارة "ولاية الفقيه" عند التحدث عن أخذ رأي هيئة كبار العلماء ينم عن عدم إدراك لفوارق شاسعة بين المعنيين، وأن الإصرار علي استخدام "ولاية الفقيه" في السياق المصري يهدم الموروث الدستوري لمصر الذي جعل من مبادئ الشريعة الإسلامية سقفا لا تتجاوزه السلطة التشريعية، على حد وصفهم. كان الدكتور سعد الدين هلالي، أحد ممثلي الأزهر بلجنة الخمسين لتعديل الدستور، اتهم المستشار محمد عبدالسلام مقرر لجنة المقومات الأساسية بالخمسين بالاستقواء بشيخ الأزهر دون علمه والخضوع لإملاءات حزب النور، على حد قوله. وأعرب هلالي عن اعتقاده بأن النص على استقلالية الأزهر بشكل مطلق في الدستور، بجانب أخذ رأي هيئة كبار العلماء في كل ما يتعلق بالشريعة الإسلامية، يجعل منه دولة داخل الدولة، ويؤسس لما يعرف ب "ولاية الفقيه". ولفت إلى أنه أبلغ عمرو موسى -رئيس لجنة الخمسين- بأن عبد السلام يستقوي بشيخ الأزهر دون علمه، وأثر على باقي أعضاء اللجنة بحجة أن آراءه تمثل شيخ الأزهر، بهدف تمرير عدد من المواد في الدستور، ستؤدي إلى نتائج "كارثية" على الحياة الدستورية والقانونية بشكل عام. وتنص المادة 4 من دستور 2012 المعطل على أن "الأزهر الشريف هيئة إسلامية مستقلة جامعة، يختص دون غيره بالقيام على كافة شؤونه، ويتولى نشر الدعوة الإسلامية وعلوم الدين واللغة العربية فى مصر والعالم، ويؤخذ رأي هيئة كبار العلماء بالأزهر الشريف فى الشئون المتعلقة بالشريعة الإسلامية". وعدلت هذه المادة من قبل لجنة الخبراء العشرة، التي شكلت بقرار جمهوري من الرئيس المؤقت عدلي منصور لوضع مسودة أولى لتعديل الدستور، وحذف منها "ويؤخذ رأي هيئة كبار العلماء بالأزهر الشريف فى الشئون المتعلقة بالشريعة الإسلامية".