هدد حزب المؤتمر الوطني الحاكم في السودان برفض نتائج الاستفتاء علي تقرير مصير الجنوب إذا لم تحل المشكلات المتعلقة بتسجيل المقترعين. واتهم القيادي في حزب المؤتمر الوطني ربيع عبدالعاطي الحركة الشعبية باستخدام وسائل لتهديد الاشخاص «الجنوبيين» والضغط عليهم وإرهابهم كي لا يسجلوا اسماءهم وهذا يعني أن الاستفتاء كله لن يكون حرا أو عادلا أو شفافا. وأضاف: إذا استمرت هذه التصرفات من قبل الحركة الشعبية، فإن هذا لن يقود إلي جو يفضي إلي إجراء الاستفتاء وستتأثر النتائج بذلك، وحذر عبدالعاطي: سيقود هذا في نهاية الامر الي عدم الاعتراف «بنتائج الاستفتاء» ليس من قبل حكومة السودان فحسب، بل كل المجتمع الدولي. من جانبها هددت 8 أحزاب جنوبية بعدم الاعتراف بنتيجة الاستفتاء المقبل إذا لم يكن شفافا ونزيها واتهمت الاحزاب الحركة الشعبية بممارسة الارهاب والتخوين ضد المواطنين من أجل التصويت لصالح الانفصال.