أرجع تقرير حقوقي صادر من المبادرة المصرية للحقوق الشخصية سبب حادث نجع حمادي إلي النشاط السياسي والانتخابي للأقباط في المدينة، وقال إن علاقة المسلمين والمسيحيين في نجع حمادي كانت تتسم بالتعايش المشترك إلا أن ذلك تغير في العشرة أعوام الأخيرة بعد الدور السياسي البارز لأسقفية نجع حمادي. أشار التقرير الذي أعدته المنظمة بناءً علي بعثة تقصي الحقائق الماضية إلي أن الأنبا كيرلس أدرك أن الأقباط يمثلون كتلة تصويتية تصل إلي عشرين ألف صوت لعبت دورًا مهمًا في انتخابات 2000 ضد النائب الحالي عبدالرحيم الغول، واستندوا أيضًا في ذلك إلي تصريحات الأنبا كيرلس لبعثة المنظمة التي أشار فيها إلي أن الحادث إرهابي لأن مسيحيي نجع حمادي لهم وضع اجتماعي وسياسي وأن من بين أسباب الحادث جوانب سياسية مع قرب انتخابات البرلمان. التقرير الذي حمل عنوان "شهود علي الفتنة" أوضح أن تصريحات الأنبا كيرلس كانت متضاربة إذ تراجع عن كثير من تصريحاته التي قد أدلي بها قبل الحادث، وبالتالي لم يستطع وفد المنظمة تحري دقة إبلاغه الجهات الأمنية قبل وقوع الحادث. وأشار إلي أن أحداث اليوم التالي للاعتداءات والموافق 7 يناير لعبت دورًا محوريا في تصعيد أجواء التوتر حيث قام عدد من الأقباط بأعمال عنف أثناء نقل الضحايا. أوصي التقرير بضرورة فتح تحقيق رسمي وشامل سواء من خلال مكتب النائب العام أو عبر تشكيل لجنة مستقلة وإحالة المسئولين عن الاعتداءات بالمدينة للمحاكمة، وإسقاط التهم الموجهة للنشطاء الذين تم إعتقالهم. في المقابل أشاد تقرير آخر صادر عن المنظمة المصرية لحقوق الإنسان عن الحادث بالجهود الأمنية السريعة في احتواء الأزمة هناك مشيرًا إلي أن واقعة فرشوط أسهمت في توتر الأوضاع بالمدينة. أشار التقرير إلي أن الخطاب الديني علي مستوي الجانبين القبطي والإسلامي بحاجة لتجديد وتحديث لافتًا إلي أنه إذا كان الشاب المسيحي الذي اغتصب الفتاة المسلمة تم معاقبته بسرعة ما قام المسلمون بحرق محلات المسلمين مطالبًا بإصدار قانون دور العبادة الموحد.