أثار إخراج زكاة الفطر للمساجد والجمعيات الأهلية جدلاً واسعًا بين علماء الأزهر، أجمع غالبيتهم علي أفضلية أن يخرج المسلم الزكاة للفقير. د. محمد الشحات الجندي عضو مجمع البحوث الإسلامية قال إنه لا مانع من إخراج الزكاة للمساجد أو الجمعيات الأهلية لتوزيعها علي الفقراء، في الوقت الذي أكد فيه أفضلية أداء المسلم زكاته بنفسه لأنها عبادة لا تؤدي بالوساطة. وفيما قالت د. سعاد صالح أستاذ الفقه بجامعة الأزهر: إن المساجد ليست مكانًا لتلقي الزكاة، مطالبة بفرض الرقابة المالية للتبرعات التي تقدم للجمعيات الأهلية. قال د. مصباح حماد وكيل كلية الشريعة والقانون السابق بجامعة الأزهر إن المسئول عن توزيع الزكاة لمستحقيها هو بيت المال التابع للدولة، وبما أنه لا يوجد هذا البيت الآن، فالذي يقوم بإخراج الزكاة هو مالك المال، مع إمكانية توكيل غيره.