كثيرًا ما كان يردد البعض وجود خلاف بين مؤسسة الأزهر الشريف ووزارة الأوقاف، الأمر الذى نفته الأوقاف بشدة، بل وسعت إلى تأكيد هذا النفى بشكل عملى من خلال العمل المشترك مع الأزهر الشريف متمثلًا فى مجمع البحوث الإسلامية المسئول عن عمل الوعظ فى مختلف أنحاء الجمهورية. ويأتى التعاون المشترك فى شهر رمضان لاستعادة منظومة القيم الأخلاقية، تأكيدًا على وحدة الرسالة والعمل بين الأزهر والأوقاف، والتعاون المشترك بين الوعاظ والأئمة من خلال العمل فى المساجد الكبرى على مستوى الجمهورية. هذا التعاون تم تكثيفه من خلال بروتوكول تعاون مشترك بين مجمع البحوث الإسلامية ووزارة الأوقاف لتنفيذ مجموعة من الفعاليات والأنشطة التوعوية تصل إلى نحو 12 ألف فعالية خلال شهر رمضان فى نحو «ألف» مسجد على مستوى محافظات الجمهورية بمشاركة وعاظ الأزهر وأئمة وزارة الأوقاف وأساتذة جامعة الأزهر. فيما يرى د.محيى الدين عفيفى الأمين العام لمجمع البحوث الإسلامية سابقاً أهمية التعاون المشترك بين المؤسسات الدينية فى مصر فى التواصل المستمر مع المواطنين والتوعية المشتركة بمجموعة من القيم الأخلاقية، وأهمية التصدى للأفكار المنحرفة والمضللة، وتلبية المتطلبات المعرفية للناس.