تسبب وصف الناشط السياسي القبطي ولعان القمص للبابا تواضروس الثاني بأنه أبوالأنبياء في غضب بعض القساوسة والمسلمين الحاضرين مؤتمر البابا تواضروس الثاني مع محافظ سوهاج وقيادات المحافظة ورجال الدين الإسلامي بدير الأنبا شنودة بسوهاج. وفي سياق آخر، قال البابا تواضروس الثاني خلال المؤتمر الذي عقد بساحة دير الأنبا شنودة: إن الشعب المصري شعب متدين ولم تعرف مصر أي شكل من أشكال التطرف الديني لأن مصر عرفت بالاعتدال الديني منذ الفراعنة حتي الآن ذلك الاعتدال غير موجود في أي بلد في العالم سوي مصر. وأضاف البابا: إن مصر فلتة الطبيعة كما وصفها المفكر جمال حمدان وأبوها التاريخ وأمها الجغرافيا وبتزاوجهما أنجبا مصر. وأشار البابا إلي أن مؤسسة الازهر تقدم الإسلام المعتدل المصري الخاص وطالما الأزهر والكنيسة بخير فمصر ستكون بخير وأطلب من الأحزاب السياسية أن تقتدي بالفكر المعتدل للأزهر والكنيسة.