أكد مفتى الجمهورية د. على جمعة أن حماية الأقلية المسيحية واجب شرعا على الأغلبية المسلمة، وطالب بمحاكمات ناجزة رادعة عادلة لمرتكبى أحداث دهشور، محذرا من الرفق بالناهبين والمفسدين واللصوص. وتعليقا على انتشار بعض الشائعات حول بناء مسجد على قطعة أرض لمسيحى ليسمى مسجد الشهيد معاذ، أفتى مفتى الديار المصرية أن الصلاة فى هذا المسجد إن وجد، فهى باطلة، فمن صلى فى أرض اغتصبت من مسيحى فعليه أن يعيد الصلاة مرة أخرى لأنه لم يؤد الصلاة، الصلاة فى الأرض المغصوبة حرام أو باطلة، وقد ذهب الإمام أحمد إلى أنها باطلة.
كما طالب الدكتور على جمعة بالالتفاف حول الحكومة الجديدة وحول الرئيس الجديد لإنقاذ مصر والارتقاء بها، مؤكدا أن النهضة ليست بجديدة على المصريين، فقد جربناها ونجحنا فيها من أيام محمد على باشا جمال عبد الناصر. ودعا فضيلته إلى الاتصاف بأوصاف المصطفى فى هدوء نفسه وحكمة قراره وسلامه مع الناس، والعودة إلى ثقافة آبائنا وأجدادنا السمحة التى هى ثقافة الإسلام.