تحفظ مجلس جامعة بني سويف على موازنة العام المالي 2012/2013 المعدة عن طريق وزارة المالية لعدة اسباب وهى تدني تقديرات وزارة المالية لأحتياجات الجامعة لا سيما الباب الأول أجور وتعويضات العاملين ، والباب الثاني التغذية والصيانة وما يتعلق بالبحوث وحصة الجامعة في عقودها الخاصة بالتطوير المستمر ومشروعات الإتصالات وتكنولوجيا المعلومات ، ومغالاة وزارة المالية في تقديرات الموارد الذاتية سواء الرقم المعلن أو الرقم المستخدم في تدبير عجز الإحتياجات الفعلية والتقديرية للجامعة (90مليون جنيه ) الرقم الظاهر. كما تحفظ المجلس على الإزدواجية التي وقعت فيها وزارة المالية بأيلولة 20% من جملة إيرادات الحسابات والصناديق الخاصة والوحدات ذات الطابع الخاص إلى وزارة المالية وفي نفس الوقت استخدام كافة الموارد الذاتية سواء الأرصدة في نهاية السنه المالية 2011 / 2012 م أو صافي الفائض خلال السنه المالية 2012 /2013 لتدبير إحتياجات الجامعة ، بالاضافة إلى الآلية التقليدية الفقيرة التي تعتمد عليها وزارة المالية في إعداد موازنة الجامعة (موازنة البنود أساس تاريخي معدل بنسبه أو بقبمه متدنيه ) وإهدار مشروع الموازنة الذي تم إقراره من قبل مجلس الجامعة مما أسفر عن تخفيض مشروع الموازنة المعد على أساس الخطه الإستراتيجية للجامعة بنسبة 51% . كما وافق المجلس على مخاطبة رئيس الجمهورية ،ومجلس الوزراء ،ووزير التعليم ،ووزير المالية ، والمجلس الأعلى للجامعات بعجز الموازنة للعام 2012 /2013 م ومناشدتهم التدخل الفوري لإعادة النظر في بنود الموازنة للجامعة الأمر الذي قد يهدد الناحيه التعليمية ، والبحثية ، والمجتمعية ، وحقوق العاملين من (أعضاء هيئة التدريس ، والوظائف المعاونه ، والإداريين) فضلاًعن الطلاب .