انتقد الدكتور عبد المنعم فؤاد، عميد كلية العلوم الإسلامية للوافدين بجامعة الأزهر، الهجمة الشرسة التى يتعرض لها الأزهر بعد الحكم على إسلام البحيرى بالسجن بتهمة ازدراء الأديان، قائلا "قضية اسلام البحيري قضائية ولا دخل للأزهر والعلماء فيها، والازهر ليس جهة أحكام". وأوضح الدكتور عبد المنعم فؤاد، فى مداخلة هاتفية ببرنامج "كلام جرايد" مع الدكتور مجدى طنطاوى على قناة العاصمة، أن الازهر لا يفرح فى حبس أحد منتقديه وهذه ليست رسالته ولكن رسالته الحوار، مؤكد أن الأزهر لا يدخل أحد السجون ولكن يعمل على إنارة العقول. وأضاف "فؤاد" أن الازهر ليس "مكفراتي" وهو يرضخ لمن يضغطون عليه ليل ونهار ان يكفروا تنظيم داعش رغم كل جرائمه، متحديا أن يثبت أحد تكفير الأزهر لإسلام البحيري، قائلا "منهج الزهر يعتمد على شرع الله ولا يكفر المسلم الا اذا خرج مما دخل فيه".