تلى الأنبا يوسطس رئيس دير الأنبا أنطونيوس بالبحر الأحمر، الوصية التى تركها قداسة البابا شنودة الثالث ، والتى جاءت فى أبرز وصاياه ، ” أنا ابوكم ومعلمكم يا جميع البنين ، اسمعوا الوصايا ” ، ” أحبوا بعضكم البعض بمحبة حقيقية ، ,احفظوا الأمانة للثالوث المقدس “ ” أصنعوا الخير مع البشر ، ولا تدعوا العالم يضلكم ” ” ولا تتأخروا عن خدمة الله ، أحفظوا السنتكم عن الخطأ “ وقال البابا شنودة ” المتينح ” فى الوصية ” اشهد لكم يا ابنائى ، أنى لم اخف اى شئ عنكم من كلام الله ، البابا في وصيته: لم أخف عنكم يا أبنائي أي شيء من كلام الله.. وعليكم بالمحبة والتسامح خلال قداس جنازة البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك القداسة المرقسية تمت قراءة وصية البابا شنودة الثالث، ونصائحه لأقباط مصر والعالم وقال البابا في وصيته «اسأل المسيح أن يقيم لكم راعيا صالحا فحسب قلبه يرعاكم، كما أنني يا أبنائي لم أخف عنكم يوما من الأيام أي شيء من كلام الله، فقد بعدت عنكم ورحلت عنكم الآن وأسئلكم أن تتعبوا من أجلي الصلاة عني والذكر وليس في نفسي أي حزن من أي أحد منكم». وأشار البابا في وصيته أن هناك العديد من المخاطر التي تحيط بنا جميعا وعلينا أن نتجاوزها بالمحبة والتسامح والإخلاص في العبادة والطاعات. جدير بالذكر أنه احتشد آلاف الأقباط أمام مقر الكاتدرائية المرقسية، في الساعات الأولى من صباح اليوم، من مختلف المحافظات، لحضور صلاة الجنازة على قداسة البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية والتي تستمر لمدة 3 ساعات تبدأ من الساعة الحادية عشرة وتنتهي الساعة الواحدة ظهراً، وبعدها ينقل الجثمان عبر طائرة عسكرية إلي دير الأنبا بيشوي في وادي النطرون حسب رغبه البابا شنودة الشخصية ليدفن في المكان الذي ترهبن فيه.