طالبت “منظمة هيومان رايتس ووتش”الرئيس محمد مرسي بوقف محاكمات المدنيين عسكرياً في واحدة من التجارب الحقيقية الأولى لاختبار صلاحيات رئيس مدني منذ تسليم السلطة العسكرية لسلطة مدنية ،قائلة في تقرير لها “يجب على الرئيس محمد مرسي بالعفو عن جميع المحكومين من قبل محاكم عسكرية. يجب عليه أيضا أن تأمر بالوقف الفوري للمحاكمات العسكرية للمدنيين ويشير هؤلاء الذين توجد ضدهم أدلة صحيحة من النشاط الإجرامي للمحاكمة أمام محاكم مدنية. في 13 يوليو عام 2012، واللجنة التي أنشئت مرسي لمراجعة حالات من المدنيين الذين حكمت عليهم المحاكم العسكرية وأيضاً الذين عفا الرئيس كل منهم. وفقا لأحدث الاحصائيات المقدمة إن هناك أكثر من 2165 مازالوا يحاكمون في المحاكم العسكرية وأكثر من 12،000 من المدنيين تم اعتقالهم منذ بداية ثورة 25 يناير ،وتم إدانة ما لا يقل عن 9000 شخص ، بما في ذلك مئات من النشطاء السياسيين، ولكن معظم الحالات المتعلقة بالنشاط الجنائي العادي كانت النيابة العامة العسكرية قد استجوبت واعتقلت ما لا يقل عن 54 طفل منذ مارس 2011 حتى الآن، ولقد حكم على الأطفال مع ما يصل الى 15 عاما، وقد وجدت هيومن رايتس ووتش أن ”القانون الدولي واضح وضوح الشمس في هذا – أي المدنيين، بغض النظر عن الجريمة، يجب أن يحاكم من قبل محكمة مدنية . لأنها لا تأخذ لجنة للتأكد من ذلك “، وقالت سارة ليا ويتسن، مسئولة الشرق الأوسط وشمال أفريقيا في هيومن رايتس ووتش. “يجب على الرئيس مرسي اتخاذ موقف مبدئي لحقوق الإنسان والعفو عن جميع المدنيين المدانين من قبل المحاكم العسكرية”.