خالد علي نشبت أزمة حادة بين المستشار " محمد ناجي شحاتة " رئيس هيئة محكمة جنايات القاهرة التي تنظر القضية المعروفة إعلامياً ب " أحداث مجلس الوزراء "، وعضو هيئة الدفاع عن المتهمين المحامي والمرشح الرئاسي السابق " خالد علي " قبل رفع الجلسة للمداولة وإتخاذ القرار . بدأت الأزمة بعد السؤال الإستنكاري الذي وجهه القاضي لعضو هيئة الدفاع والذي كان "هو مطلوب من الجيش والشرطة تضرب وتسكت.."، فصاح خالد علي معترضاً على حديث القاضي " حضرتك واخد موقف من المتهمين قبل الحكم "، طالباً من سكرتير المحكمة اثبات كلام الدفاع في محضر الجلسة لترفع المحكمة اثناء ذلك الجلسة للمداولة و إتخاذ القرار. كانت النيابة والتي ادلى ممثلها في جلسة اليوم مرافعتها في القضية قد أسندت للمتهمين عددًا من التهم منها التجمهر وحيازة أسلحة بيضاء ومولوتوف والتعدي على أفراد من القوات المسلحة والشرطة وحرق المجمع العلمي والاعتداء على مبان حكومية أخرى منها مقر مجلس الوزراء ومجلسي الشعب.