على الرغم من إشادة المنظمات المدنية والدولية بنزاهة المرحلة الأولى من الانتخابات وحياد اللجنة العليا للانتخابات، إلا أن عدداً من منظمات المجتمع المدنى المحلية حاولت إشعال الفتنة بين اللجنة ورئيسها المستشار عبد المعز إبراهيم، حيث تصيدت عدد من التصريحات الأولية للجنة والبيانات المبدئية على موقعها للإيحاء بأن هناك تضاربا فى البيانات وضبابية فى عمل اللجنة. فقد انتقد عدد من الحقوقيين أداء اللجنة العليا لانتخابات مجلس الشعب، مؤكدين أن ما وصفوه ب «تخبطاتها» كانت السبب الرئيسى فى عدد من المشاكل بالمرحلة الاولى وجولة الإعادة. محمد محيى المحامى ورئيس جمعية التنمية الانسانية أكد أن أداء اللجنة العليا للانتخابات كان سبب الكثير من الأزمات وزادها تصريحات رئيسها المستشار عبد المعز إبراهيم بأن نسبة المشاركة فى الجولة الأولى بلغت 52% وليست 62%. وأوضح محيى أن هذه التصريحات قد تؤدى إلى فتح الباب للتشكيك فى كافة البيانات الصادرة عن اللجنة العليا للانتخابات، مضيفا أن المستشار عبد المعز إبراهيم عندما تحدث بشأن الأحكام القضائية الصادرة عن القضاء الإدارى فيما يخص بطلان إعلان نتائج الانتخابات فى بعض المحافظات سعى للالتفاف على أحكام القضاء الإدارى بالإشارة إلى أن هناك أحكاماً متضاربة من محكمة القضاء الإدارى. واستطرد قائلا: نرى أن رئيس اللجنة العليا للانتخابات يصر على المضى قدما فى طريق الضبابية منذ بدء العملية الانتخابية وحتى جولة الاعادة، وأوضح أن الحكم بعدم الاختصاص كان قد بنى على نص المادة 40 من الإعلان الدستورى والذى جعل محكمة النقض هى المنوطة بالفصل فى صحة عضوية الأعضاء، وهو الموقف القانونى المغاير عن باقى الأحكام الأخرى التى تصدت لموضوع الدعوى ببطلان الانتخابات وهو حق أصيل لمحكمة القضاء الإدارى، وسعى لنزع الاختصاص من محكمة القضاء الإدارى ثم التعجيل باستخراج كارنيهات العضوية للأربعة الفائزين فى المرحلة الأولى وذلك على الرغم من التضارب الشديد فى الأرقام التى أعلنتها اللجنة ذاتها وعلى الرغم من العلم بوجود طعون. ومن جهته أكد عصام عبد العزيز المحامى والمدير التنفيذى لحملة «شارك وراقب واتعلم» والتى تراقب انتخابات البرلمان إصابته بمزيد من الدهشة مع استمرار رئيس اللجنة العليا للانتخابات فى الإدلاء بالمزيد من التصريحات وإشارته إلى أن أرقام النتائج الخاصة بالقوائم والتى تم نشرها على موقع اللجنة العليا هى أرقام غير نهائية و غير صحيحة وأن الأرقام الصحيحة سيتم الإعلان عنها عقب انتهاء جولة الإعادة فى المرحلة الأولى. أما محمد عبدالله خليل المحامى ومدير غرفة عمليات الاتحاد العام للجمعيات والمؤسسات الأهلية فأكد أنه يوصى اللجنة العليا المشرفة على الانتخابات بمحاولة تدارك السلبيات التنظيمية والإدارية التى شابت المرحلة الأولى بجولتيها وتهيب الغرفة بالجهات المنوط بها تنفيذ القانون العمل بشكل حاسم من أجل منع أى تأثير على إرادة الناخبين عبر الدعاية المخالفة للقانون و بخاصة الدعاية الدينية والرشاوى الانتخابية و الدعاية فى فترة الصمت. من جانبه انتقد طارق زغلول المدير التنفيذى للمنظمة المصرية لحقوق الإنسان موقف اللجنة العليا للانتخابات من عدم تحديدها ضوابط محددة وحازمة تحدد آليه واضحة تحكم إنفاق المرشحين والأحزاب على الدعاية الانتخابية وكذا صمت اللجنة بعدم اتخاذ مواقف جادة وفعالة للبت فى الشكاوى والبلاغات المقدمة إليها بشأن تجاوز أحزاب ومرشحين لسقف الإنفاق الدعائى. وكان المستشار أحمد الزند، رئيس نادى قضاة مصر قد فتح النار على اللجنة العليا للانتخابات، مشيرا إلى أن اللجنة العليا لم تنسق مع نادى القضاة على الرغم من كون القضاة أحد الأركان الأساسية فى العملية الانتخابية. كما أن الأماكن التى اختارتها اللجنة العليا للانتخابات لإجراء عملية الفرز غير مؤهلة، فالقضاة كانوا يفترشون الأرض ويجرون عملية الفرز فى جو غير مناسب بسبب عدم تواجد الإمكانيات المطلوبة. وقال الزند إنه متأكد من أن العشرات من الأحكام القضائية ستصدر ببطلان الانتخابات فى دوائر القاهرة لما شاب عملية الفرز من أخطاء فادحة، مؤكدا أن الفرز فى اللجان العامة «يختلط فيه الحابل بالنابل».وتعجب الزند من أن يفترش قاضى الفرز الأرض دون وجود أى مقاعد للقضاة لمباشرة أعمالهم، وشدد على أنه لم ينحز إلى القضاة ولكن القضاة حققوا ملحمة انتخابية على أعلى مستوى بما فيها من أخطاء. وأشار إلى أن أكثر من 20 قاضيا أصيبوا بأزمات صحية فى اللجان الانتخابية.