دفع إعلان بعض قادة المتمردين في دارفور التوجه إلي جنوب السودان للقاء مسئولين بالحركة الشعبية إلي ظهور تساؤلات حول أهداف حكومة الجنوب برئاسة سلفاكير ميارديت في احتواء حركات دارفور، وما إذا كانت تسعي لدعم التمرد أم أن ما تقوم به ردة فعل لما تنتهجه الخرطوم من دعم لمعارضي حكومة الجنوب بحسب رأي الأخيرة. ففي وقت بدت فيه أزمة دارفور تتجه نحو الحل - ولو جزئيا، أعلن متمردون دارفوريون أنهم بحاجة لإجراء بعض المشاورات بينهم بضيافة حكومة الجنوب التي لا تزال شريكة في حكم البلاد. هذه الازدواجية دفعت محللين وخبراء سياسيين للبحث عن إجابات لتساؤلات متكررة بشأن دور الحركة الشعبية في أزمة دارفور، وما إذا كانت ستواصل دعمها لبعض الحركات، أم أنها ستتوقف بعد انتهاء مرحلة الاستفتاء. ويبدو أن وجود رئيس حركة تحرير السودان مني أركو مناوي -والذي يشغل مقعد مساعد رئيس الجمهورية- في جوبا قبل أن تصدر بعض المعلومات الصحفية حول رغبته مواصلة اعتكافه بالعاصمة الجنوبية، سيضيف كثيرا من الاحتمالات لما هو متوفر أصلا. فقد أكد الخبير السياسي محمد عبد الله الدومة تبني الحركة الشعبية لتحرير السودان بعض الحركات المسلحة في دارفور منذ بدايتها، مشيرا إلي وجود ضباط "ينتمون للحركة الشعبية ضمن صفوف بعض الحركات المتمردة بدارفور". لكنه رهن تعاون جوبا مع الحركات المسلحة بمواصلة العلاقات التاريخية بين الجانبين، مضيفا أنه حتي ولو لم تتعامل جوبا مع الحركات المسلحة بدارفور فإن الجنوب يمكن أن يصبح معبرا من أوغندا "التي بدأت تسعي للعب دور جديد باستضافة عدد من قادة الحركات خلال الفترة القريبة الماضية". وأرجع الدومة إمكانية حدوث ذلك لما سماه المشاكل المتفجرة بين الجنوب والشمال، مشيرا إلي أن للطرفين الشمالي والجنوبي "من يحاربون عنهما بالوكالة، مما يدفع بإمكانية دعم الحركة لمسلحي دارفور". وقال إن الحرب "هي المرشحة الآن بعد انفصال الجنوب إلا إذا جرت ترتيبات يختلف فيها الوضع عما هو سائد الآن من تصعيد واستقطاب". أما المحلل السياسي محمد موسي حريكة فربط بين الشعبية وحركات دارفور بما سماه المشروع السوداني للمهمشين الذي نشأ في إطار الدولة الواحدة ضد المركز "وبسبب المصالح المشتركة بين كافة الأطراف". ولم يستبعد أن تتخذ حركات دارفور الجنوب بديلا طبيعيا لتشاد التي ابتعدت بمصالحها عن التعاون مع تلك الحركات بعد عودة العلاقات السودانية التشادية لطبيعتها.