أثارت المادة الثالثة من دستور 2012 المعطل، حالة من الخلاف بين ممثلي الكنائس المصرية الثلاثة "الأرثوذكسية، والكاثوليكية، والإنجيلية"، وممثلو الأزهر الشريف، حيث رفض الأخير، أي محاولة للمساس بالمادة الثالثة المتعلقة بأهل الكتاب، بينما أكد ممثلي الكنائس على ضرورة تعديل المادة معتبرين أن النص الحالي يميل إلى الطائفية. وأعرب الأزهر الشريف، اليوم الثلاثاء، على لسان المستشار محمد عبد السلام، المتحدث الرسمي باسم ممثلي الأزهر بالدستور، عن رفضه لاقتراح تعديل المادة باستبدال عبارة "مسيحيين واليهود" من المادة، إلى "غير المسلمين". وأكد عبد السلام، أن الأزهر رفض بالإجماع تعديل المادة، مؤكدا أن هذا القرار جاء بناءً على رغبة الأزهر في إصدار دستور وطني يضمن كافة حقوق المصريين. وعلى الجانب الآخر، قال القس صفوت البياضي، رئيس الطائفة الإنجيلية، وممثلها بلجنة الخمسين، في تصريحات خاصة ل"محيط" أن هناك توافق بين ممثلي الكنائس الثلاثة وعدد كبير من أعضاء لجنة الخمسين، على تعديل المادة الثالثة من الدستور. وأضاف البياضي، أن الكنائس ترى أن النص الحالي للمادة يميل إلى الطائفية، ويتعارض مع حرية العقيدة، المشار إليها بالدستور، بالإضافة إنه يهمل حقوق وشرائع الأديان والطوائف الأخرى. وأكد الأنبا بولا، أسقف طنطا، وممثل الكنيسة الأرثوذكسية، على توافق الأغلبية العظمة من أعضاء لجنة الخمسين على تعديل المادة الثالثة، رافضاً التعليق على اعتراض الأزهر.