تشهد محافظة الأقصر ظاهرة جديدة تنتهجها المراكب السياحية، حيث يتجمع عدد كبير أمام مبنى المحافظة وأمام معبد الأقصر ومتحف التحنيط الأثري بكورنيش النيل. ويبلغ عدد المراكب السياحية بالصف الواحد أكثر من 25 مركب سياحي وقد لوحظ أن مخلفات المراكب من دخان تغطي سماء الأقصر وتحجب الرؤية على المعالم الأثرية بالنسبة للسياح الأجانب، إلى جانب إلقاء بعض مخلفات هذه المراكب السياحية في نهر النيل، مما يهدد معالم الأقصر السياحية ك "معبد الأقصر" و"متحف التحنيط".
ومن المعروف بأن المرسى السياحي الخاص بشركة المراسي الوطنية بالأقصر قانوناً يسع الوقوف لثلاثة أو أربع مراكب نيلية فقط وليس 25 مركب.