تباشر نيابة أمن الدولة العليا بإشراف المستشار هشام القرموطى, المحامى العام الأول للنيابة، التحقيق مع المتهمين الثلاثة بالانتماء إلى جماعات تنظيم القاعدة والتخطيط لتنفيذ أعمال إرهابية تتضمن تفجيرات واغتيال شخصيات سياسية داخل مصر، وواجهة النيابة المتهمين بتحريات جهاز الأمن الوطني، والمخطوطات والاحراز التي ضبطها قوات الأمن بوزارة الداخلية خلال القبض عليهم. كان وزير الداخلية محمد إبراهيم, أعلن في مؤتمر صحفي, أن المتهمين الثلاثة المقبوض عليهم، على صلة ب "الكردي" رجل تنظيم القاعدة في منطقة شرق آسيا، وذلك بعد إلقاء الأجهزة الأمنية القبض على قيادي جهادي بالقاهرة، وبحوزته مقاطع فيديو عن كيفية جمع المعلومات ودور الأمن والأجهزة الاستخباراتية، وضبط شريكين له بالإسكندرية وبحوزتهم مواد تستخدم في تصنيع المتفجرات. وأفادت التحريات المبدئية أن المتهم الأول، "عمرو.أ.ع"، كان على اتصال بأفراد خلية مدينة نصر الإرهابية، وأنه سافر إلى أفغانستان في عام 2011 ثم إلى تركيا للدخول لسوريا والانضمام إلى المجاهدين، وتم القبض عليه وترحيله إلى القاهرة، كما سافر أيضا إلى لبنان في نفس العام، وتم القبض عليه أيضا وترحليه وعثر بحوزته أيضا على 1100 دولار أمريكي، بينما تم القبض على زملائه، "محمد.ع.ح" و"محمد.م" بالإسكندرية، وعثر بحوزتهما على 10 كيلو جرامات من مادة "النترات" التي تستخدم في تصنيع المواد المتفجرة.