اتهمت اللجنة الأمريكية بشأن الحرية الدينية الدولية، مصر بوقوفها على عتبة «الدول التي تثير قلقًا خاصا» فيما يخص حماية الأقليات الدينية وخاصة الأقباط المسيحيين. وقال تقرير صادر عن اللجنة، أنه وبالرغم من وجود بعض التقدم خلال العملية الانتقالية السياسية المضطربة التي تمر بها البلاد إلا أن الحكومة فشلت أو تباطأت في حماية الأقليات الدينية وخاصة الأقباط المسيحيين من العنف. ونقلت وكالة أنباء عموم أفريقيا «بانا برس» البيان الذي أدلت به الدكتور «كاترينا لانتوس سويت» رئيسة اللجنة, والذي اتهم الحكومة المصرية بالاستمرار في محاكمة وإدانة وسجن الأفراد بسبب احتقار أو ازدراء الأديان، وأن الدستور الجديد يتضمن عدة نصوص ذات إشكالية خاصة بالحرية الدينية. وفي تقريرها السنوي لعام 2013 م قالت اللجنة أن حالة الحرية الدينية الدولية مأساوية على نحو متزايد بسبب القوى التي تشعل عدم الاستقرار وتتضمن صعود التطرف الديني العنيف إلى جانب الإجراءات التي تتخذها أو تمتنع الحكومات عن اتخاذها. كما أشار البيان إلى أن الحكومات الاستبدادية تقوم بقمع الحرية الدينية من خلال شبكات معقدة من القواعد التمييزية والشروط التعسفية والمراسيم الصارمة. وتعد اللجنة الأمريكية بشأن الحرية الدينية الدولية هيئة استشارية اتحادية مستقلة نشأت بموجب قانون الحرية الدينية الدولية لرصد انتهاكات الحرية الدينية في الخارج.