احتجت اللجنة الدائمة للآثار الإسلامية والقبطية بوزارة الآثار على إصدار محافظ القاهرة قراراً بإلغاء تخصيص أرض لمتحف القاهرة التاريخية ومركز للزوار بمنطقه الحسين بالدراسة دون الرجوع لوزارة الآثار.
وكان قد سبق صدور قرار لمحافظ القاهرة عام 2007 بتخصيص قطعه أرض بمساحه 1300 متر خلف مستشفى الحسين لإقامة متحف القاهرة التاريخية، ومركز للزوار، وتضمن تمهيد العقد أن الاتفاقية استمرار للتعاون والشراكة بين المحافظة ومؤسسه أغاخان, واقترح المجلس الأعلى للآثار تحديد مكان المتحف على حدود حديقة الأزهر.
وقد تضمن المشروع إقامة جراج متعدد الطوابق مع المركز والمتحف ومساهمتها بمبلغ 20 مليون جنيه، تمثل تكلفة الاستشاري العام واستشاري المشروع وفريق الإشراف وترميم القطع الأثرية.
وقد أصدر محافظ القاهرة الحالي قراره بإلغاء تخصيص الأرض بناء على تراجع مؤسسة أغاخان وشركه أغاخان الثقافية عن التزامهما بالمساهمة في إنشاء المتحف ومركز الزوار، وقد بحثت اللجنة الدائمة للآثار إلزام مؤسسه أغاخان بدفع تعويض عن الأضرار التي لحقت بالمجلس الأعلى للآثار عن إلغاء المشروع خاصة مع مساهمه مجلس الآثار بمبلغ قام بسداده عند الموافقة على إنشاء المشروع.