انتقدت منظمة «أطباء بلا حدود» الاتفاق الذي أعلنته دول الاتحاد الأوروبي حول أزمة الهجرة غير الشرعية ، وقالت إن «إعلان مالطا ليس سوى محاولة جديدة لإبقاء المهاجرين بعيدًا عن أوروبا ولا تهتم بإنقاذ حياة آلاف المهاجرين واللاجئين. فهو لن يحل الأزمة». وقالت المنظمة في بيان لها إن «الاتحاد الأوروبي ، لا يعلم مدى خطورة الوضع في ليبيا ، فأولئك الذين يتم إنقاذهم في البحر المتوسط يتحدثون عن مجاعات وتعذيب وانتهاكات يعايشها المهاجرون يوميًا في مراكز الاحتجاز بليبيا». ورأى البيان أن «إعلان مالطا» لا يقدم أي حلول بديلة للمهاجرين الذين لا يستطيعون البقاء في ليبيا أو العودة إلى بلادهم، ولا يتضمن الإعلان أي تفاصيل واضحة وشاملة حول إجراءات تحسين الوضع في ليبيا بالنسبة للمهاجرين واللاجئين. وقالت المنظمة إن «هناك انهيارًا تامًا للقانون والنظام في ليبيا، لن تصلحه برامج التدريب أو التمويل. ليبيا ليست مكانًا آمنًا». ومن جانبها اعتبرت مفوضية الأممالمتحدة العليا لشؤون اللاجئين أن إدارة مخيمات للاجئين في ليبيا تعني إبقاء المهاجرين في ظروف غير إنسانية وتعريضهم إلى مزيد من المخاطر. ودعت منظمة الهجرة الدولية الاتحاد الأوروبي لاتخاذ إجراءات أكثر فاعلية لمعالجة الأوضاع «البائسة» التي يعيشها المهاجرون في ليبيا، وبناء القدرات لإنقاذ حياة المهاجرين في البحر وداخل ليبيا، وتعزيز حكم القانون ومواجهة الشبكات الإجرامية المتورطة في تهريب المهاجرين.