شهدت كنيسة القديسة العذراء بمهمشة الشرابية نزاعًا بين محافظ القاهرة ورئيس حى الشرابية لرفضه إجراء عملية ترميم للكنيسة، الامر الذي دعا "سيمون سمعان" المسئول عن الكنيسة للهجوم علي القرار بقوله : إن قرار الإيقاف سيؤدى إلى إثارة الفتن والقلاقل ويتيح الفرصة للقول بأن هناك محاولات للنيل من الأقباط متمثلة فى هدم دور العبادة مما سيحدث آثار سلبية لمجرد أن أحد المهندسين حاول بشكل أو بآخر أن يصدر قرارًا يكون محل جدل ومن خلاله يتردد اسمه لأنه يحلم بالترشيح لمجلس ما ولذا لابد من إلغاء هذا القرار السلبى لما فيه من أضرار. الجدير بالذكر أن منطقة الإسكان بالشرابية أصدرت رخصة ترميم للكنيسة برقم 17 للعام 2006 ووصف المبنى بأنه عبارة عن هيكل خرسانى مكون من دور أرضى مرتفع به جزء بدروم بالنهاية وجزء ميزانين وتم البدء فى أعمال الترميم حتى تم صدور قرار بإيقافه رقم 59 للعام 2009 بمعرفة مدير التنظيم بالشرابية وذكر فيه أنه تحقق لديه قيام مسئولي الكنيسة ببناء الدور الأرضى بالمبنى البحرى بالكنيسة من الهياكل الخرسانية بدون ترخيص وبمسطح حوالى 360 م2 بعد هدم المبنى القديم ولابد من إيقاف الأعمال المخالفة التى أقامتها الكنيسة.