أخيرا .. وبعد ضغوط جماهيرية وأخرى مستقلة عنيفة ، صدر بيان عن مجمع البحوث الإسلامية في الأزهر الشريف أنتقد بشدة تصريحات الأنبا بيشوى التي تطاول فيها على القرآن الكريم وطعن في بعض آياته، وأعتبر البيان أن مثل هذه التصريحات مماثلة للتصريحات العدوانية التي تتحرش بالإسلام والمسلمين في بعض البلدان الأوربية وغيرها وحذر من أن هذه التصريحات تضر بشدة بالوحدة الوطنية ، مشيرا إلى أن مصر دولة إسلامية بنص دستورها الذي يمثل العقد الاجتماعي للشعب والدولة وأن إحترام هوية مصر المسلمة هو من بديهيات التزام الأقليات التي تعيش في داخلها ، وكانت الجلسة التي عقدت صباح اليوم السبت برئاسة فضيلة الدكتور أحمد الطيب وأمتدت ثلاث ساعات قد شهدت مناقشات ساخنة وغضبا من أعضاء المجلس تجاه تصريحات بعض رجال الكنيسة، وهذا نص البيان: "لقد صُدم مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر الشريف بما نُشر أخيراً منسوباً إلى أحد كبار رجال الكنيسة الأرثوذكسية بمصر من طعن على القرآن الكريم وتزييف على علماء المسلمين، الأمر الذي أثار غضب جماهير المسلمين في مصر، وخارجها وإستنكار عقلاء المسيحيين في مصر على وجه الخصوص، والمجمع إذ يؤكد على أن هذه التصرفات غير المسئولة إنما تهدد في المقام الأول الوحدة الوطنية في وقت نحن في أشد الحاجة فيه لصيانتها ودعمها، فإنه ينبه إلى أن هذه التجاوزات إنما تخدم الأهداف العدائية المعلنة عالمياً على الإسلام والمسلمين وثقافتهم وحضارتهم، مما يوجب على أصحاب هذه التجاوزات أن يرتقوا إلى مستوى المسئولية الوطنية، وأن يراجعوا أنفسهم وأن يثوبوا إلى رشدهم". هذا وإن رفض مجمع البحوث الإسلامية هذه التصرفات غير المسئولة إنما ينبع أولاً من حرصه على أمن الوطن بمسلميه ومسيحييه وحماية الوحدة الوطنية ومواجهة الفتن التي يمكن أن تثيرها هذه التصرفات التي تهدد أمن الوطن واستقراره". ويؤكد المجمع على حقيقة أن مصر دولة إسلامية بنص دستورها الذي يمثل العقد الاجتماعي بين أهلها، ومن هنا فإن حقوق المواطنة التي علمنا إياها رسول الله - صلى الله عليه وسلم- في عهده لنصارى نجران والذي قرر فيه أن لهم ما للمسلمين وعليهم ما على المسلمين – هذه الحقوق مشروطة بأحترام الهوية الإسلامية وحقوق المواطنة التي نص عليها الدستور. وإذا كان عقلاء العالم قد استنكروا في استهجان شديد إساءة بعض الغربيين للقرآن الكريم، فإن عقلاء مصر بمفكريها ومثقفيها من المسلمين والمسيحيين مطالبون بالتصدي لأية محاولة تسيء إلى الأديان السماوية الثلاثة ورموزها ومقدساتها، كما أنهم مطالبون باليقظة وبتفويت الفرصة على المتربصين بأمن مصر وإستقرارها وسلامتها، وبأن يعتبروا العقائد الدينية للمصريين جميعاً خطاً أحمر لا يجوز المساس به من قريب أو بعيد".