أثارت تكهنات عن محاولات إرهابية مرتقبة من جانب جماعة الإخوان المسلمين لحصار مبني الأزهر الشريف، انتقاما من انحيازه لحماية المؤسسة العريقة من مخططات الأخونة والسلفنة، وكذا تأييده لثورة المصريين ضد الإخوان. كانت جماعة الإخوان المسلمين، علي وشك حسم صراعها التاريخى مع الأزهر الشريف، والذى بدأ بحادث «مليشيات الأزهر» الذى أدان فيه شيخه الجليل أحمد الطيب ما فعله شباب الجماعة بساحة الأزهر من استعراض للقوى وإرهاب للطلاب، وهى الواقعة التى استثارت الإخوان ضد المشيخة وجعلتهم يضعونها نصب أعينهم، ويتحفزون للانقضاض عليها، خاصة بعدما كانت الواقعة التى حدثت عام 2006، بداية للمحاكمات العسكرية لقيادات الجماعة، وهو ما أثار حفيظة جماعة الإخوان ضد المشيخة، وشيخها، خاصة مع تشبث الطيب بالمحافظة على روح الأزهر من أى اختراق، سلفياً كان أو إخوانياً. وسعت الجماعة عبر عدة طرق إلى غزو الأزهر، وأخونته، وحصار المشيخة، والإطاحة بشيخها، وكادت أن تنتصر فى مسعاها بمجرد وصول محمد مرسى مندوب الجماعة فى قصر الرئاسة، إلى سدة الحكم، إلا أن ثورة 30 يونيو أجهضت هذا المخطط. وقد تعددت الحيل والوسائل التى عمدت بها الجماعة لحصار الأزهر من أجل أخونته، جاء على رأسها محاولة السيطرة على المعاهد الأزهرية المنتشرة فى القرى والنجوع، والتى عجزت المشيخة عن إمدادها بمدرسين وسطيين يتبعون منهج الأزهر، مما سمح بتسلل عناصر إخوانية للتدريس والعمل بهذه المعاهد البعيدة عن الرقابة، وكذلك وضعت الجماعة نصب أعينها محاولة شق صف المشيخة من الداخل، عبر رموزها الإخوانية، المنتمين لرابطة «أزهريون ضد الانقلاب»، وأخيراً عمدت الجماعة للسيطرة على جامعة الأزهر نفسها، عبر حشد الدعم لطلابها فى انتخابات اتحاد الطلاب للسيطرة على مقاعده.