أثارت قضية اختفاء كأس الأمم الإفريقية والتي احتفظت به مصر بعد الفوز باللقب لثلاث نسخ متتالية، حالة من الجدل داخل الوسط الرياضي، خاصة بعدما فوجئت إدارة الاتحاد الكرة بعدم وجود عدد من الكئوس القديمة في مخازن الاتحاد التي كان من المفترض أن يتم الاستعانة بها في عملية تطوير مبى الاتحاد. البعض أرجع اختفاء تلك الكؤؤوس إلى عام 2013 بعد حريق ونهب مقر الاتحاد في ذات العام لدى الهجوم عليه من مجموعات الألتراس. ودفع قضية سرقة كؤوس إفريقيا من اتحاد الكرة، مجلس النواب للمطالبة بفتح تحقيق عاجل حول ما يتردد سرقة الكؤوس من مبنى اتحاد الكرة. وتقدم نائب رئيس حزب السلام الديمقراطى للشئون البرلمانية، سعيد حساسين، بطلب إحاطة قدمه للدكتور على عبد العال رئيس مجلس النواب لتوجيهه إلى الدكتور مصطفى مدبولى رئيس مجلس الوزراء والدكتور أشرف صبحى وزير الشباب والرياضة قائلا: "أين ذهبت جميع الكؤوس والدروع والميداليات والسيوف التى دخلت خزينة اتحاد الكرة خاصة أنه من المفترض أن يكون هناك كشف بهذه الأشياء". الالتراس يقتحم اتحاد الكرة أسفرت الاحتجاجات التي اندلعت في 9 مارس 2013، فور النطق بالحكم في قضية مذبحة بورسعيد، عن اقتحام الألتراس إلى مقر اتحاد الكرة، وحرق مقر الاتحاد. تسبب الاقتحام حينها في اندلاع حريق هائل في مقر اتحاد الكرة، بعدما تمكن محتجون من اقتحام الجبلاية، وحطموا ماكينة البنك المتواجدة أمام مقر اتحاد الكرة، بالإضافة إلى سرقية بعض محتويات الاتحاد من أوسمة وكؤوس. وهنا يؤكد ثروت سويلم المدير التنفيذي السابق لاتحاد الكرة، ل "مصراوي" أن واقعة سرقة كؤوس وميداليات من مقر اتحاد الكرة في مارس 2013، تلاقها تحقيقات مكثفة، وأن المحاضر والتحقيقات التي أجريت حينها أسفرت عن عودة بعض الكؤوس. وأكمل: "بعض الكؤوس لم نستطع الوصول إليها، بعد التحقيقات والبحث"، مشيرًا إلى أنه يتم جرد المخازن كل عام بإشراف من لجنة بوزارة الشباب والرياضة. كما أكد جمال علام رئيس اتحاد الكرة الأسبق، أنه بالفعل تم سرقة 5 كؤوس في الاقتحام ظنا من سارقيها أنها مطلية بالذهب، لكن تم استرجاعها بعض ذلك من قبل المتهمين بعد التأكد من عدم وجود أي عنصر للذهب أو ذو قيمة في هذه الكؤوس سوى قيمتها التاريخية. وأكد علام أن مجلسه نجح في استرجاع كل الكؤوس التي تم سرقتها بعد اقتحام الالتراس لمقر اتحاد الكرة عام 2013، مؤكدًا أن مقر اتحاد الكرة لم يوجد به أي ميداليات حتى يتم سرقتها. النيابة تحفظ التحقيقات في يناير 2017، قررت نيابة حوادث وسط القاهرة، بإشراف المستشار سمير حسن المحامى العام الأول لنيابات وسط القاهرة، حفظ التحقيقات في واقعة حريق مقر اتحاد الكرة المصري ونادي الجزيرة ونادي الشرطة، عقب النطق بالحكم في قضية مذبحة بورسعيد التى راح ضحيتها 74 من مشجعي النادى الأهلي. جاء قرار النيابة العامة عقب ورود تقارير وتحريات الأجهزة الأمنية والمباحث الجنائية وتقرير المعمل الجنائي. إحباط تهريب كأس إفريقيا للخارج في 2013 أيضًا، أثيرت واعقة أخرى متعقلة بمحاولة شخص كندي تهريب كأس بطولة إفريقيا إلى خارج مصر، وأن سلطات الأمن بمطار القاهرة الدولي، أحبطت محاولة التهريب. وتردد حينها بأن الشخص كندي الجنسية، وحاول تهريب كأس خاص ببطولة أفريقيا لكرة القدم، كان قد سُرق من مبنى الإتحاد المصري لكرة القدم، وأنه حاول تهريب الكأس داخل حقائبه التي كانت في طريقها للشحن. مصادر أمنية تعلق وأكد مصدر أمني، اليوم، أن الأجهزة المعنية في وزارة الداخلية تفحص الأنباء التي أثيرت مؤخرًا حول سرقة كأس الأمم الأفريقية من مقر الاتحاد المصري لكرة القدم بالجبلاية. وحول تقديم بلاغات من قبل اللجنة الخماسية التي تتولى إدارة شئون اتحاد كرة القدم المصري، أو وزارة الشباب والرياضة ببلاغات حول الواقعة، نفى المصدر تلقي أي بلاغات في هذا الصدد، مشيرًا إلى أنه لم يتقد أحد المعنيين بالأمر ببلاغات حتى الآن. اتحاد الكرة يرد أعلن الاتحاد المصري لكرة القدم، أنه سيبدأ التحقيق في اختفاء عدد من الكؤوس. ونشر المركز الإعلامي لاتحاد الكرة بيانا جاء كالآتي: في إطار التطوير الذي يقوم به الاتحاد المصري لكرة القدم حاليا لمقره الرئيسي ومن بينه تحويل المدخل إلى متحف مصغر للكرة المصرية ، فوجئت إدارة الاتحاد بعدم وجود عدد من الكئوس القديمة في مخازن الاتحاد التي كان من المفترض أن يتم الاستعانة بها في عملية التطوير." وأضاف اتحاد الكرة في البيان "يجرى حاليا تحقيق للتأكد من مصير هذه الكئوس القديمة وهل نجت من عملية حريق ونهب مقر الاتحاد في عام 2012 لدى الهجوم عليه من مجموعات الألتراس ، أم راحت ضمن الخسائر التي نجمت عما تعرض إليه المبنى في هذه الواقعة."
