قال وزير الخارجية المصري أحمد أبو الغيط إن مصر قلقة من احتمالات اندلاع عنف وتدفق المهاجرين بعد استفتاء على الانفصال في السودان وأضاف "أننا نخشى من أن يكون الانفصال متسما ببعض أعمال العنف ويؤثر على علاقة السودان بدول الجوار ومصر التى يمكن أن تضطرها الظروف الى استقبال السودانيين وهو وضع مقلق يجب الاعداد له جيدا. ويقول نشطاء إن مصر تحتضن بالفعل مئات الالاف من المهاجرين السودانيين داخل حدودها. وفي 2005 قتلت الشرطة أكثر من 20 سودانيا عندما فضت اعتصاما لمجموعة من طالبي اللجوء يطالبون باعادة توطينهم في دول غربية. ومن المقرر اجراء الاستفتاء في يناير بموجب اتفاق السلام الذي وقع عام 2005 وأنهى حربا أهلية استمرت عدة عقود. ويقول محللون إن من المرجح أن يؤيد الجنوب الانفصال عن شمال السودان