رغم صدور حكمين بالإعدام فى حقه أطلق مصطفى حمزة القيادى بالجماعة الإسلامية من داخل محبسه فى سجن ملحق المزرعة مبادرة جديدة لإصلاح السجون المصرية تقوم على دعامتين الأولى : اعتماد سياسات جديدة لمصلحة السجون تنقض كل السياسات الخاطئة السابقة والثانية : توفر متطوعين أكفاء يساعدون مصلحة السجون على تطبيق السياسات الجديدة. وقد تعرض حمزة للسياسات الخاطئة التى كانت تنتهجها مصلحة السجون ضد مسجونيها و التى منها سياسة " الحسنة تخص و السيئة تعم" فالمسجون الذى يشعر أنه يعاقب فى كل الأحوال يتشجع على المخالفة طالما سيناله العقاب فى كل الأحوال . كما انتقد سياسة " غلق الزنازين لفترات طويلة على المسجونين دون تريض أو نشاط اجتماعى أو رياضى أو دينى " وهذه السياسة تؤدى إلى ضيق صدر المسجون وتوتره وقلقه وعدم استقراره النفسى مما يشجع على زيادة معدل الجريمة والإحباط والشعور باليأس كما يرى حمزة فى دراسته إن "عدم الاهتمام بالتأهيل الدينى والثقافى للكادر المتعامل مع المسجونين " يعد أيضا نوع من السياسات الخاطئة ، إضافة إلى المنع المبالغ فيه لاحتياجات المسجونين من الأدوات المختلفة مما يؤثر عليه نفسياً ويضطره لإفساد بعض منشآت السجن للحصول على احتياجاته وأدواته الطبيعية . الخلط فى تسكين المساجين بين عتاة الإجرام وبين حديثى الإجرام أو ذوى السابقة الأولى يعده أيضا سياسة خاطئة تحول صغار المجرمين إلى عتاة إضافة إلى الإهمال الطبى للمسجونين وعدم الرعاية الصحية الكافية لهم. مشروع حمزة يقوم على قيام متطوعون من المجتمع المدنى والجمعيات الخيرية بمساعدة مصلحة السجون على تنفيذ تلك السياسات مرشحا للقيام بهذا الدور الدكتور عمرو خالد مع ترشيح أحد القساوسة للتعاون على تنفيذ هذا المشروع. خطة العمل التى يطرحها حمزة تقوم على حصر عدد السجون على مستوى مصر و توزيع عناصر المجتمع المدنى المشاركة فى المشروع على كل سجن حسب التوزيع الجغرافى بالتنسيق مع الجهة الداعمة بالمتطوعين، هذه المجموعات المشاركة تقوم بزيارات لكل سجن 3 أيام أسبوعياً لتنفيذ برنامج إصلاحى ( اجتماعى - دينى - ثقافى - رياضي) بالتنسيق مع مصلحة السجون وإدارة كل سجن. كما تركز الخطة على قيام العناصر المتطوعة بالرعاية الاجتماعية لأسر المسجونين والاهتمام بحل مشاكلهم وتيسير قضاء مصالحهم فى غياب العائل بالسجن مع توفير بعض المشروعات الصغيرة لأسر المسجونين كل هذا يتم بالتوازى مع أنشطة مقترحة منها انشطة اجتماعية كتوزيع دورى لبعض المعونات و الهدايا للمسجونين و أسرهم . كما يعتبر حمزة إن النشاط الدينى فى السجن فى غاية الأهمية والمتمثل فى إجراء مسابقات دورية على مستوى السجون فى حفظ القرآن الكريم بمستويات متعددة ورصد جوائز قيمة لذلك ومحاولة إصدار قانون من مجلس الشعب القادم بتخفيف العقوبة عن المسجون الذى يتم حفظ عدد من أجزاء القران الكريم والتنسيق مع الكنيسة لوضع ضوابط لتخفيف العقوبة عن المسجونين المسيحيين ذوى الأخلاق الحسنة . المقترح دعا أيضا إلى إجراء مسابقات للسجين المثالى على مستوى السجن ثم على مستوى السجون كلها ورصد جوائز قيمة لذلك مع رصد مكافئات للمتوقفين عن التدخين بصورة دورية وعقد ومحاضرات توعية وتثقيف دينى على مستوى السجون وإحضار دعاة مشهورين لجذب المسجونين للالتزام الإسلامى والتنسيق مع الكنيسة لعقد محاضرات خاصة للمساجين المسيحيين. النشاط الثقافى كان محل اهتمام من الدراسة حيث اقترحت عقد مسابقات بين السجناء فى فروع الأدب المختلفة والأعمال المسرحية بالتوافق مع أنشطة رياضية أخرى وعقد دورات رياضية بين السجون مع الاهتمام بالأنشطة الاقتصادية و التوسع فى ورش التصنيع المختلفة والتشجيع على ممارسة النشاط الإنتاجى لكل سجين ومكافأة المسجونين على نشاطهم بمكافآت مجزية وإتاحة الفرصة أمام السجناء لإتمام المراحل التعليمية المختلفة وعقد دورات خاصة لمحو الأمية . فى ختام الدراسة أكد حمزة على ضرورة السماح بالتواصل بين السجين و أسرته عن طريق الهاتف ومعاملة زائرى السجناء معاملة حسنة و توفير أماكن للزيارة مناسبة مع السماح بها طوال أيام الأسبوع ما عدا يوم الجمعة مع إمكانية أن يقضى السجين مدة العقوبة بأقرب سجن من مسكنه ووضع ضوابطك قانونية للخلوة الشرعية و محاولة استقطاب بعض رجال الأعمال لدعم المشروع .