بالرغم من تأييد الكثيرون له داخل الجماعة وإن كان ذلك دون إعلان رسمي قرر مجلس الشورى العام لجماعة الإخوان المسلمين فى جلسته العادية بدورته الرابعة 2010 – 2014م، اليوم، زوال عضوية الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح أمين عام اتحاد الأطباء العرب من الجماعة، بسبب إعلانه الترشح للرئاسة، بالمخالفة لقرار مجلس الشورى العام في 10 فبراير الماضي والذي تم التأكيد عليه فى جلسة مجلس الشورى، يومي 29 و30 أبريل الماضي، والخروج على نظم وقواعد الجماعة. كما قرر المجلس قبول اعتذار الدكتور محمد حبيب عن عدم عضويته بمجلس الشورى العام مع استمراره "أخًا عاديًا" في الجماعة ، حيث جاء ذلك ردا علي ما قيل مؤخرا عن فصل حبيب من منصبه كنائب للمرشد وعضوا بالجماعة . وقد أكد المجلس الذى انعقد برئاسة المرشد العام (رئيس مجلس الشورى العام) الدكتور محمد بديع، وبحضور 105 أعضاء وغياب 4 أعضاء واعتذار 11 عضوًا بسبب السفر أو المرض - أنه اتخذ هذا القرار بناء على ما أوصت به لجنة التحقيق الدائمة والمنتخبة. وجاء هذان القراران بعد عرض تقرير لجنة "التحقيق الدائمة" المنتخبة من مجلس الشورى العام، والتى أجرت التحقيق مع كل من: حبيب، وأبو الفتوح. واستعرض المجلس فقرة عن أهم قرارات وأنشطة المركز العام، وبعض الإجراءات التي تمَّت حتى الآن في حزب "الحرية والعدالة" سواء على المستوى المركزي أو مستوى المحافظات، وما يترتب على ذلك من تفريغ أعضاء أمانات المحافظات دعويا، وكذلك عرض تطورات العمل في القناة الفضائية "مصر 25". كان الدكتور محمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان قد أكد أن الجماعة لن ترشح أى عضو منها فى انتخابات الرئاسة ولن تدعم أي عضو يخالف القرار ويرشح نفسه للرئاسة، وعلى من يخالف القرار أن ينتظر قرار مجلس شورى الإخوان بفصله من الجماعة . جاء ذلك فى تصريحات بديع الليلة الماضية عقب افتتاحه المقر الجديد لجماعة الإخوان المسلمين بمدينة سوهاج وإقامة مؤتمر جماهيري للجماعة بميدان الثقافة بالمدينة بحضور ما يقرب من خمسة آلاف شخص . وهو ما اعتبر وقتها تلميحًا لفصل د.عبد المنعم أبو الفتوح الذي سبق وأعلن الشهر الماضي عن خوضه سباق الانتخابات الرئاسية عقب أسابيع من الجدل حول هذا الأمر، لاسيما بعدما أطلق عدد من شباب جماعة الإخوان حملات لدعمه للترشح إلى الانتخابات خلال الفترة الماضية، وسط انتقادات داخل الجماعة للشباب الذين أعلنوا عن نيتهم الانضمام الى حملة دعم ابو الفتوح مرشحًا لانتخابات الرئاسة. كما قال المرشد العام للجماعة وقتها : إن الجماعة لا تلعب بالسياسة، ولا تكذب، حيث إنها قوة تنظيمية كبيرة بفضل حب الناس لها، وأن الجماعة لا تقبل أى دعم أو أموال من أية جهة أو دولة خارجية .. قائلاً : من يتهمنا بذلك عليه إثبات ما يقول. ومن جانبه أكد الدكتور أبو الفتوح أنه لن يتراجع عن ترشيح نفسه لمنصب رئيس الجمهورية، وأنه سيتسمر فى العمل من أجل مصر ومصلحة شعب مصر فى أى موقع من مواقع الخدمة الوطنية، حتى لو لم يحالفه التوفيق والفوز فى انتخابات الرئاسة، وأنه يحترم ما ستسفر عنه نتائج الانتخابات وصناديق الاقتراع. وقال أبو الفتوح إنه لم يتلق أى شيء بشكل رسمي بخصوص ما ذكرته وسائل الإعلام عن فصل جماعة الإخوان له وأن الأمر لا يشغله، وأنه على ثقة بأنه سيحصل على أصوات أعداد كبيرة من جماعة الإخوان المسلمين، وأنه سيحصل على صوت المرشد العام للجماعة الدكتور محمد بديع فى انتخابات الرئاسة، وأنه مهتم بقضايا أهم وأكبر مثل إرساء ودعم الديمقراطية وتطوير وتحديث العملية التعليمية والبحث العلمي ، بالإضافة إلي تحسين أحوال المواطن المصري فى كافة سبل الحياة.