علق مروان البرغوثي, رئيس الجناح العسكري لحركة فتح والمعتقل في إسرائيل ولن يتم الإفراج عنه ضمن صفقة تبادل الأسري, للمرة الأولي علي تفاصيل الصفقة ونفي أن يكون قد تدخل بأي شكل من الأشكال في صياغتها. وقال المحامي إلياس صباغ, الممثل للبرغوثي منذ 2002, "مروان سمع عن الصفقة من الإعلام ولم يكن علي علم بتفاصيلها كاملة. هو أوضح أن أحدا لم يستشره طوال فترة المفاوضات ولم يتم عرض أي إقتراح بالإفراج عنه أمامه". وفي مقابلة أجراها مع الصباغ في السجن, أثنى البرغوثي علي الصفقة. و مع هذا, أشار إلي أنه إذا تفحصوا تفاصيل الصفقة أكثر, سيدركون أن جزء كبير من الأسرى المتوقع الإفراج عنهم في المرحلة الثانية هم أسرى سينهون فترات عقوباتهم قريبا علي أية حال. وأشار الصباغ إلي أن البرغوثي يحافظ علي معنوياته مرتفعة رغم أنه لم يتم ضمه للصفقة. وذكرت صحيفة هآارتس الإسرائيلية أن قدورة فارس, مدير مكتب البرغوثي ومسئول بارز في منظمة التحرير الفلسطينية, أبدي انتقاده الشديد للصفقة, التي لم تتضمن البرغوثي. وقال, "الشعور حاليا هو الفرح الممزوج بالخسارة. فرح أن 1000 معتقل فلسطيني سيتم تحريرهم, وخسارة أن قادة الأجنحة, وقادة المناطق والقادة السياسيين لم يتم ضمهم للصفقة". وأضافت الصحيفة أن فتح أيضا انتقدت الصفقة, كما انتقدت حقيقة أن حماس وافقت أن تختار إسرائيل 25 أسير بارز من ضمن قائمة تتضمن 75 شخصا, وهو الأمر الذي خفف عن إسرائيل كثيرا. وفي حماس رفضوا الانتقاد الموجه لهم حيث قال, محمود الزهار, مسئول الحركة, في لقاء ل "الحياة" أن فتح والسلطة الفلسطينية غير قادرين علي ادعاء أي شئ ضد حماس. وأضاف, "أبو مازن قدم إقتراحا من قبل للإفراج عن شاليط مقابل كسر الحصار, دون الإفراج عن أي أسير فلسطيني ونحن رفضنا هذا تماما". ووفقا له, فإن أحدا لم يتوقع أن يتم الإفراج عن كل هؤلاء الأسرى. وتابعت الصحيفة الإسرائيلية أن جزءا من الأسرى توجهوا مؤخرا لقيادة حماس في محاولة لتسهيل شروط اعتقالهم في أعقاب التوقيع علي الصفقة. ووفقا لهم, حدثت في السنوات الأخيرة تطورات أدت لتشديد ظروف حبس الأسرى وقد ربطت إسرائيل ذلك بوضع جلعاد, وقالوا, "لم يعد لإسرائيل ما تتخذه حجة, فجلعاد علي وشك الإفراج عنه".