أثارت رسالة الرئيس الأعلي للجمهورية الإيرانية للرئيس محمد مرسي الكثير من ردود الفعل الغا ضبة بين مختلف القوي السياسية ورجال الدين في مصر وطالبوا الرئيس برفض الرسالة باعتبارها تدخلا في الشأن الداخلي. قال د. أحمد عارف المتحدث باسم جماعة الإخوان المسلمين "علي طهران أن تكف عن الطعن في عقائد أهل السنة". واعتبرت الجماعة الإسلامية الرسالة "تدخلاً شيعياً" في شئون أكبر دولة سنية في الشرق الأوسط مستنكرة "ولايه الفقيه" التي يقوم عليها المذهب الشيعي. حذر مجلس شوري العلماء من الانفتاح علي إيران لما في ذلك من خطر علي أهل السنة ووحدتهم. وأكد د. عصام العريان نائب رئيس حزب الحرية والعدالة أن مصر لن تكون إيران ولا أفغانستان ولا باكستان. أضاف أن أهل السنة لا يحتاجون إلي اجتهاد بين شيعة آل البيت بخاصة الاثني عشرية. قال جمال حشمت القيادي بالإخوان أن الاستعانة بخبرات العلماء الإيرانيين وتجاربهم وأبحاثهم أمر طبيعي ولن يكون إلا بعد عودة الدفء للعلاقات. طالب محمود فرج سفير مصر الأسبق في إيران الرئيس مرسي يرفض الرسالة باعتبارها نوعاً من التدخل في الشأن الداخلي لمصر. وأكد د. محمد العريفي الداعية السعودي ان ايمان المصريين يعصمهم من اعتناق المذهب الشيعي. وأكدت صحيفة هاآرتس الإسرائيلية ان الرسالة موجهة لدول الخليج وعلي رأسها السعودية أكثر من مصر. أشارت مصادر أمنية قدمت تقارير للرئيس مرسي أن ضرر العلاقات مع إيران أكبر من نفعها علي المستوي الخارجي والداخلي لأنهما يتعارضان مع التزامات مصر تجاه أمن الخليج واتفاقية السلام مع إسرائيل التي لا تعترف بها إيران. من جانبه قال السفير مجبتي أماني رئيس البعثة الدبلوماسية الإيرانية بالقاهرة ان بعضا من هؤلاء العلماء المفكرين علي صلة بالمرشد الأعلي "علي خامنئي" وكانوا يهدفون من الرسالة لتقديم مقترحاتهم ونصائحهم للرئيس مرسي.