أكد الشيخ محمد الظوهرى خلال حواره لقناة "مصر 25 للإعلامى معتز مطر، أن تجربة جماعة الاخوان المسلمين فى الحكم ستفشل، مؤكدا أنها مخالفة للشريعة الاسلامية، وأن النظام الحالى قائم على أن السيادة "للشعب"، وهذا ما يعد منازعة لحاكمية الله لأن السيادة لله وحدة. وقال الظواهرى إن أعضاء السلفية الجهادية ليسوا فى صدام مع النظام ، ولا فى صدام مع الشعب المصرى، ولن يستخدموا العنف معه، لأن الدين الاسلامى كله رحمة. وأشار الظواهرى إلى أن النظام الجهادى لا يتعرض للدول المسلمة متسائلا " هل رأيت الجماعات الجهادية تقاتل شعوبا اسلامية؟!" مؤكدا أن نظام مبارك جعل من الجهاد "فزاعة" ليثيروا خوف المواطنين. وأضاف أن "جهاز أمن الدولة المنحل يريد استعادة سطوته عبر بث التخويف من الإسلام الأصولي".مؤكدا فى الوقت ذاته "خطورة الوضع في سيناء"، متهماً الأمن بمحاولة "إشعال الفتنة"