انتقد ممثل وزارة المالية أحمد السيد، التشوهات الموجودة بنظم مكافآت العاملين بالجامعات المصرية، وتباينها الشديد بين الجامعات من ناحية، وفى إطار القطاعات من ناحية أخرى. وكشف السيد خلال اجتماع لجنة التعليم بمجلس الشورى السبت برئاسة د. محمد خشبة لمناقشة الموازنة الجديدة لمستشفيات جامعة الأزهر- أن الجهات الإدارية فى الفترة الأخيرة أصبحت تستجيب للمطالب الفئوية لا سيما فى تثبيت العمالة الؤقتة دون توفير الموارد المالية، مما يمثل عبئًا على وزارة المالية. وأشار إلى أن هناك تشوهًا غير عادى فى الحد الأدنى للأجور بين العاملين الجامعات، موضحًا أن المالية ملتزمة فقط بتوفير الحوافز بنسبة 200% من الأجر الأساسى، وبما لا يتوافق مع حد أدنى للأجور فى حدود 700 جنيه طبقًا للقانون، وكشف عن أن هناك جهات تطلب حوافز تقدر بنحو 350%. وأعلن ممثل المالية أن هناك توجهًا لإصدار لائحة موحدة لنظم المكافآت بالجامعات المصرية لإقرار مبدأ العدالة الاجتماعية، وشدد فى رده على مندوبى مستشفيات الأزهر أن وزارته لا تؤخر صرف الرواتب والمكافآت المدرجة بالموازنة. من جانبهم اتهم النواب خلال اجتماع لجنة التعليم والبحث العلمى بمجلس الشورى لمناقشة خطة مستشفيات جامعة الأزهر فى موازنة العام المالى 2013 – 2014، مديرى المستشفيات بالتقصير فى طرح المناقصات الخاصة بأجهزة الآشعة والتحاليل لأنه يتم ترحيل المناقصة للعام التالى لتغير السعر، متسائلين على أى أساس يتم تحديد السعر فى مثل هذه المناقصات. ومن جانبه قال محمد محمود المدير المالي بمستشفى الحسين الجامعى فى رده على هذه الاتهامات: إن لجنة فنية تحدد السعر حسب الموجود فى الأسواق، بالإضافة إلى وضع متغير بنسبة 25% مراعاة لحدوث أي تغير، لافتًا إلى أن الطفرة التى حدثت فى سعر الدولار فى الفترة الماضية هى سبب إلغاء المناقصات الخاصة بتوريد بعض أجهزة الأشعة ومحاكاة الأورام بقيمة حوالى 12 مليون جنيه نتيجة لتغير السعر. وأضاف: "لا يمكننى أن العب فى القيمة التقديرية للمناقصة بعد الطرح، ولا يمكننى كذلك إضافة جنيه واحد". كما شهدت اللجنة خلافات واسعة واشتباكات بالألفاظ بين المديرين فى بعض المستشفيات ومن بينها مستشفى باب الشعرية؛ حيث اتهم محمد محمود المدير المالى بالمستشفى وزارة المالية بعدم تحقيق وزارة المالية للعدالة الاجتماعية فى المكافآت الخاصة بمستشفيات جامعة الأزهر.