نفى الشيخ سلامة عبد القوى، المتحدث الرسمي باسم وزارة الأوقاف، ما يثار بوسائل الإعلام حول أخونة المجلس الأعلى للشئون الإسلامية، مؤكدا أن هذا الكلام ما هو إلا محض افتراء وكذب وتضليل إعلامي. وأوضح أن كل ما يتخذه المجلس من قرارات تصدر طبقا للائحة الخاصة بالمجلس، والتي تنص على أن كل عضو يتغيب عن حضور ثلاث جلسات للمجلس تبطل عضويته، مشيرا إلى أنه تم إبطال عضوية الدكتور عبد الرحمن البر عميد كلية أصول الدين بالمنصورة وعضو مكتب الإرشاد بجماعة الإخوان المسلمين؛ لتغيبه عن حضور ثلاث جلسات. وأكد عبد القوى أن الدكتور علي جمعة مفتى الديار المصرية كان عضوا بالمجلس الأعلى للشئون الإسلامية بصفته الوظيفية، ونظرا لانتخاب مفتى جديد زالت عضويته بصفته الوظيفية، واستمرت عضويته لشخصه كعالم جليل.