أكدت مارجريت عازر، عضو لجنة الانتخابات البابوية، أن البابا الجديد سيكون أمامه ملفان مهمان جدا للكنيسة وشعبها، هما انتخاب المجلس الملي وتحديد صلاحياته, والملف الثاني هو ملف الأحوال الشخصية وحل المشاكل المختلفة للمسيحيين. ومن جانبه كشف كمال زاخر، المفكر القبطي، عن أن مجموعة من القامات المسيحية العلمانية صاغت ملفا بعنوان "الانتقال بالكنيسة من الفرد إلى المؤسسة", وسنقوم بطرحه على المرشحين الثلاثة, بالإضافة إلى الأنبا باخوميوس، مشيرا إلى أن هذا هو المطلب المهم والملح الآن, وهو انتقال الكنيسة من الفرد إلى المؤسسة؛ لأن النظم في مصر والعالم تنتقل الآن من الفرد إلى المؤسسة, خاصة بعد اختفاء ظاهرة الشخصية المتفردة والكاريزماتية. وأوضح زاخر- فى حواره مع برنامج هنا العاصمة على "فضائية CBC"- أن هذا الملف يحتوي على مجموعة من الملفات الأخرى الفرعية, يأتي على رأسها ملف لائحة "57"، مؤكدا اتفاق جميع المرشحين بمن فيهم القائم مقام البابا, أن هذه اللائحة تحتاج إلى تعديل, بل نقول إننا نحتاج إلى كتابة لائحة جديدة تتفق مع معطيات العصر, وتحتفظ بالأصالة, بما يعني دستورا جديدا للكنيسة؛ ليكون طريقا إلى عصر المؤسسة، مشددا على ضرورة إعادة هيكلة نظام التعليم في الكنيسة, بداية من تعليم الكهنة وصولا إلى تعليم الشباب؛ من أجل العودة إلى طبيعة الكنيسة اللاهوتية والثقافية التي تتميز بها. بدوره طالب هاني لبيب، الباحث القبطي، بقناة فضائية واحدة للتحدث باسم الكنيسة بدلا من ثلاث فضائيات؛ لوقف استنزاف موارد الكنيسة، مشددا على أهمية ملف التطوير المؤسسي للكنيسة، وخاصة ملف الأحوال الشخصية.