لم يترك مخبر المساجد لجهاز أمن الدولة المسمى بوزير الأوقاف محمد مختار جمعة، فرصة لتضييق الدعوة على المصلين في المساجد، والعمل على إغلاقها في وجوههم، إلا واتخذ من الإجراءات ما يمضي به في سبيل ذلك، حتى أنه استغل فرصة الحديث عن ارتفاع أسعار الكهرباء وأصدر منشورا أمس الثلاثاء، بعدم ضم أى مسجد للأوقاف، إلا بعد إضافة بند على ألا تتحمل الوزارة دفع أى فواتير للكهرباء والمياه، ويلتزم الأهالى بدفع هذه الفواتير. كما قرر جمعة، عدم تعيين أى عمال أو مقيمى شعائر مع المساجد المنضمة للأوقاف وهو القانون المعمول به فى الوزارات السابقة. وأصدر جمعة، عددا من القرارات فيما يتعلق بضم المساجد الجديدة، إلى وزارة الأوقاف، منها الضم الدعَوِى والضم الكلى، فالأول توفر له الأوقاف خطباء لصلاة الجمعة، والثانى تلتزم فيه الأوقاف بالمسجد كليا سواء بتوفير العمال والأئمة ومقيمى الشعائر، فضلا عن دفع نفقات الصيانة والكهرباء والمياه، وهو ما عطلته الأوقاف حاليا، حيث تقوم بالضم الدعَوِى الفورى. واكد جمعة أن الضم الدعوى، الغرض منه عدم السماح لأى جماعة بالتحكم فى خطب الجمعة أو إمامة المصلين خاصة فى رمضان وغيره، لذا يقوم القطاع الدينى بإصدار قرار ضم مباشر، وينص بند فى آخر القرار، مذيل بتوقيع رئيس القطاع الدينى، على إلزام بانى المسجد بدفع فواتير الكهرباء والمياه والالتزام بجميع مصروفات الصيانة والترميم، وتكتفى الأوقاف بتوفير خطيب وإمام للجمعة والصلوات. وأصدر جمعة قرارا وزاريا رقم 152، ونص على: "يلتزم الأهالى بتوصيل المرافق للمسجد، ودفع فواتير الكهرباء والمياه وغيرها". ولعل هذه القرارات تؤكد أن وزارة أوقاف الانقلاب رفعت يدها تماما عن رعاية المساجد وبناءها وصيانتها والإنفاق عليها، في الوقت الذي حرصت فيه فقط على التحكم في المنهج الدعوي والرقابي من أجل منع أي صوت يختلف مع صوت الأجهزة الأمنية التي تشرف على المصلين وتحسب لهم أنفاسهم. وبالرغم من أن الأوقاف تحصل على أموال النذور وصناديق الزكاة وأموال الوقف والتبرعات والصدقات من هذه المساجد، إلا أنها بذلك القرار تعتبر قد تعاملت مع المساجد على أنها غنيمة تأخذ كل ما يخرج منها وتراقب كل ما يدخل فيها ويسمع بها، في الوقت الذي تركت الدولة للكنيسة أموالها وأوقافها تديرها بمعرفتها، وليس للوزارة أي رقابة عليها. وشهدت الفترة التي تم تعيين مختار جمعة فيها وزير للأوقاف بعد الانقلاب العسكري طوال 3 سنوات فضائح عديدة أبرزها كانت الخطبة المكتوبة التي ألزم بها أئمة المساجد، والتي اصطدم فيها مع شيخ الأزهر نفسه والذي قام بتزكيته وتعيينه ثم انقلب جمعة عليه شخصيا، حتى وجد شيخ الأزهر من هذا الإجراء طريقا لانفجار الشارع المصري لم يتفهمه غباء مختار جمعة فاضطر للذهاب للسيسي الذي أصدر قرارا بإشراف شيخ الأزهر على العمل الدعوي وتم إلغاء قرار الخطبة المكتوبة. ومن القرارات التي اتخذها مختار جمعة وقف سنة الاعتكاف في المساجد خلال شهر رمضان على المتقدمين بطلب وشهادة بيانات يتم تدوينها والذهاب بها للوزارة من اجل الموافقة على الاعتكاف بعد التحريات الأمنية، فضلا عن قرار غلق المساجد بعد 15 دقيقة فقط من الآذان وإقامة الصلاة. وتم اكتشاف واقعتي فساد في عامين لوزير أوقاف الانقلاب أحدهما خاصة بالحج حينما قام بإرسال عدد كبير من أقاربه وأسرته لأداء شعيرة الحج على حساب وزارة الأوقاف فضلا عن التلاعب في القرعة الخاصة بالحج لصالح مجموعة من أتباعه، والثانية الاستياء على شقة على النيل وتجهيزها من أموال الوزارة لنفسه. فضلا عن أن وزير أوقاف الانقلاب استغل أموال الوزارة في نشر مؤلفاته وترويجها والحصول على تأييد الكنيسة من خلال طبع كتاب حماية الكنائس فى الإسلام، كما أصدر الوزير الانقلاب الطبعة اﻷولى من كتاب تيسير الحج، لعدد من علماء اﻷزهر، جعل لنفسه النصيب الاكبر فيهم لترويج مؤلفاته وبيعها على حساب الوزارة للحجيج ، كما قام بنشر وطبع كتاب أخر لنفسه على حساب الوزارة هو "مفاهيم يجب أن تصحح".