كشف الجهاز المركزي للمحاسبات وجود عجز بقيمة 252 مليونًا و409 آلاف جنيه في ميزانية الجهاز التنفيذي للمنطقة الحرة ببورسعيد؛ نظرًا لعدم التزامه بأحكام القانون رقم 89 لسنة 1998 بشأن المناقصات والمزايدات ولائحته التنفيذية، فضلاً عن عدم عرض العقود المبرمة بينه وبين شركات المقاولات على مجلس الدولة، لمراجعة بنوده قبل إقرارها، بالمخالفة للقانون. وطالب التقرير بضرورة الالتزام بأحكام قانون المناقصات والمزايدات ولائحته التنفيذية وقانون مجلس الدولة، لتفادي وقوع الجهاز في مواطن الخطأ لدى إبرام العقود.
وأشار "المركزي للمحاسبات" في تقريره أسباب العجز، مؤكدًا عدم الالتزام بأحكام قانون تنظيم المناقصات والمزايدات ولائحته التنفيذية، وعدم عرض العقد على مجلس الدولة لمراجعة بنوده قبل تنفيذه، وبالمخالفة للقانون، مما ترتب عليه تحميل الجهاز التنفيذي للمنطقة الحرة أعباء مالية دون مقتضى، وترتب عليه زيادة عجز موازنة الجهاز التنفيذي للمنطقة الحرة.
كما طالب الجهاز المركزي للمحاسبات بتشكيل لجان متخصصة، لبحث ودراسة الأسلوب الأمثل لتشغيل قرية مرجانة "السياحية والمجمع الثقافي للاستفادة؛ مما أنفق عليهما من استثمارات بلغت 225 مليون جنيه، لضمان الاستفادة القصوى من هذه الاستثمارات".