انتهت لجنة الصياغة بالجمعية التأسيسية لوضع الدستور، من إعداد نص المادة الخاصة بالأزهر الشريف على أن تكون بباب المقومات الأساسية بعد إلغاء أى مواد تتعلق بالأزهر بباب الأجهزة الرقابية. تنص المادة على أن " الأزهر هيئة إسلامية مستقلة قائمة بذاتها تختص وحدها بالقيام على كافة شئون الأمة الإسلامية والعالم كله وتقوم على أمور الدين والدعوة ونشرها ويكون رأى هيئة كبار العلماء بالأزهر مرجعا للدولة فى كافة الأمور المتعلقة بالشريعة طبقا لمذاهب أهل الجماعة والسنة. وقال الدكتور محمد عبد السلام، مستشار شيخ الأزهر وعضو الجمعية التأسيسية: إن المادة الخاصة بالأزهر تأتى معبره عن توافق الجميع على ضرورة استقلال الأزهر الشريف بشكل كامل فى الدستور الجديد، وأن شيخ الأزهر غير قابل للعزل. وأشار إلى حذف مادة "محكمة الانتخابات" من باب "الأجهزة الرقابية" ونقلها إلى باب نظام الحكم، على أن يتم تحويلها إلى دائرة من دوائر المحكمة الإدارية العليا، وذلك بعد اعتراض ممثلى مجلس الدولة بالجمعية التأسيسية من بينهم المستشار أدوارد غالب والمستشار محمد عبد السلام، وعليه جرى إعادة باب "الأجهزة الرقابية " إلى اللجنة المختصة ليتم التعديل بنقلها إلى "باب نظام الحكم". من جانبه، أكد الدكتور يونس مخيون، عضو الجمعية التأسيسية، أنه لاصحة لما يثار حاليا في وسائل الإعلام من إلغاء المادة التي تم استحداثها بشأن عدم سن قوانين تخالف الشريعة الإسلامية، مؤكدا أنه تم التوصل لهذه المادة كحل وسط بين القوى السياسية للموافقة على إلغاء مرجعية الأزهر في تفسير المادة الثانية والمواد التي تخص الأمور الخاصة بالشريعة الإسلامية. وقال: إن المادة التي تم استحداثها بشأن عدم سن قوانين تخالف الشريعة هي الضامن الوحيد لعدم الالتفاف على المادة الثانية، متسائلا عن سبب اعتراض بعض القوى السياسية على هذه المادة ومطالبتهم بإلغائها رغم التوافق عليها من قبل هذه القوى للوصول لحل وسط، مؤكدا أن حزبه لن يتراجع عن نص هذه المادة بعد الجدل الكثير الذي دار حول المادة الثانية وضمان الاحتكام للشريعة الإسلامية.