استمرت الاخفاقات المصرية على الساحة الإفريقية في الخمس بطولات التي أقيمت في الفترة ما بين عامي 1988 و1996 إذ قدمت آداءً متواضعاً حرمها من اللقب على مدار 12 عاماً متصلة. فبعد الفوز بالبطولة رقم 15 في القاهرة، تصاعدت آمال الجماهير المصرية للفوز بالنسخة التالية من البطولة التي استضافتها المغرب عام 1988، إلا أن لعنة خروج حامل اللقب من الأدوار الأولى للبطولة التالية اصابت المنتخب المصري. وقعت مصر في المجموعة الثانية التي ضمت كل من الكاميرون ونيجيريا وكينيا، وكانت تشكيلة الفريق مشابهة إلى حد كبير للفريق الذي ظهر به الفراعنة في البطولة التي اقتنصوها في القاهرة، بالإضافة لبعض الوجوه جديدة أمثال إبراهيم حسن وأسامة عرابي وإسماعيل يوسف والحارس أحمد شوبير. تراجع مصري إحباطات المنتخب المصري بدأت منذ أولى مبارياته في البطولة، فشهدت الرباط خسارة الفراعنة من أسود الكاميرون بهدف ثأري سجله روجيه ميلا في الدقائق الخمس الأولى من اللقاء. حاول المنتخب المصري أن يلملم شتاته في مباراته التالية أمام كينيا، ليفوز بثلاثية نظيفة أحرزها جمال عبد الحميد (هدفين) وأيمن يونس، إلا أن التعادل السلبي أمام نيجيريا وضعه في المركز الثالث بالمجموعة، وحرمه من التأهل للأدوار التالية للبطولة. وفي المجموعة الأولى التي استضافتها الدارالبيضاء تألق أصحاب الأرض لينتزعوا قمة المجموعة، فيما احتاجت الجزائر للجوء إلى القرعة لخطف بطاقة التأهل الثانية على حساب كوت ديفوار، وقبعت زائير في قاع الترتيب. وفي الدور قبل النهائي كان التألق من نصيب نجوم غرب إفريقيا، فتألقت الأسود وخطفت هدفاً من شباك المغاربة لتصعد الكاميرون للمباراة النهائية للمرة الثالثة على التوالي، وتخطت نيجيريا الفريق الجزائري بصعوبة بعد انتهاء الوقتين الأصلي والإضافي بالتعادل، إذ لجأ الفريقان لركلات الترجيح التي وصلت إلى 18 ركلة حسمتها النسور لصالحها في النهاية. ويعود الأسود والنسور للتصادم في نهائي البطولة، وبهدف لإيمانويل كوندي تعلن الكاميرون من جديد سيطرتها على الكأس الإفريقية. ساحر القبيلة
الكأس أسقط جنوب إفريقيا في 96 لم يكن عام 1990 عادياً في الكرة المصرية، إذ تمكن المدير الفني للمنتخب المصري محمود الجوهري من إقناع الرأي العام والاتحاد المصري بالغاء الدوري العام ودفع بالمنتخب الأوليمبي في البطولات المختلفة ليجنب المنتخب الأول الضغط خلال استعداداته للمشاركة في كأس العالم في إيطاليا. وهذا مع دفع بشباب المنتخب الأوليمبي ممثلين في ياسر ريان وهشام إبراهيم وفوزي جمال وعبد العظيم الشورى، بالإضافة لعامل الخبرة ممثلاً فقط في ثابت البطل وطارق يحيى، إلى السفر للجزائر للمشاركة في النسخة 17 من البطولة الإفريقية. وفيما يعد نتيجة طبيعية لقي المنتخب المصري ثلاث هزائم على يد كوت ديفوار بنتيجة 3-1، ومن نيجيريا بهدف، ومن الجزائر بهدفين دون رد لتتربع الأخيرة على قمة المجموعة وتبعتها النسور. تصدر البلد المضيف للمجموعة كان مستحقاً، بعد الفوز على نيجيريا بثلاثة أهداف نظيفة، واكتساح كوت ديفوار 5-1. وبالمثل، وجهت الكاميرون المتأهلة لكأس العالم في إيطاليا كل اهتمامها للمونديال وأهملت البطولة الإفريقية، لتحل ثالثاً في الجموعة الثانية بعد زامبيا والسنغال، في حين تذيلت كينيا ترتيب المجموعة. وفي الدور قبل النهائي فازت الجزائر على السنغال 2-1، وأطاحت نيجيريا بزامبيا بهدفين نظيفين، لتصعد الدولة المضيفة للنهائي وتتغلب على نيجيريا للمرة الثانية بهدف لشريف الوجاني. وفي البطولة 18 التي استضافتها السنغال عام 1992 فاقت مصر توقعات أكثر المتشائمين، لتخرج مبكراً من البطولة بعدما قبعت في قاع مجموعتها بدون رصيد للنقاط أو حتى الأهداف، بعد الهزيمة من زامبيا وغانا. قوى إفريقية جديدة الخروج المصري لم يكن سببه فقط المستوى المتواضع الذي قدموه في البطولة، وإنما كان راجعاً للتغيرات التي شهدتها خريطة القوى الإفريقية بعدما فتحت الأندية الأوروبية أعينها على مهارات اللاعبين الأفارقة. احتراف اللاعبين الأفارقة في أوروبا أحكم سيطرة منتخبات غرب القارة على البطولة، التي شهدت للمرة الأولى مشاركة 12 فريقاً، تم تقسيمهم إلى أربع مجموعات ليصبح الفوز بالمونديال الإفريقي أكثر صعوبة، لأن الفوز باللقب صار يتطلب خوض ست مباريات بدلا من خمس فقط كما في النسخ السابقة. كما كان ترتيب فرق المجموعات الأربع بعد نهاية الدور الأول معبرا بحق عن حال الكرة الإفريقية في ذلك الوقت، إذ احتلت منتخبات الغرب الإفريقي ممثلة في غانا ونيجير
