الاثنين 21 مايو، وقبل يومين من إجراء الانتخابات الرئاسية، اللجنة القضائية العليا المشرفة على الانتخابات الرئاسية، منحت عددا من منظمات المجتمع المدني التراخيص الخاصة بمراقبة الانتخابات، بلغ عددها 76 منظمة، رصدت هذه المنظمات خلال يومي التصويت تجاوزات ومخالفات وانتهاكات، تنوعت بين الدعاية أمام اللجان وحشد الناخبين في ميكروباصات لتوجيههم لانتخاب مرشح بعينه، إضافة إلى بعض حالات "الورقة الدوارة" والتصويت الجماعي وشراء الأصوات بمبالغ مالية. الحقوقيون والمسؤولون بمنظمات المجتمع المدني، والمشاركون في مراقبة الانتخابات، أجمعوا على أن تجاوزات المرحلة الأولى كانت بسيطة وأن الانتخابات لم يشوبها تزوير ممنهج؛ حيث قال الناشط الحقوقي نجاد البرعى ل"الوطن" إن انتهاكات المرحلة الأولى لم تكن مؤثرة بشكل كبير في النتائج؛ حيث كانت التجاوزات بسيطة وغير مؤثرة، بينما قال المحامي محمد زارع، عضو البعثة المصرية لمراقبة الانتخابات، إن الانتهاكات في المرحلة الأولى لم تكن كبيرة، وإنها كانت خروقات بسيطة مقارنة بالانتخابات الرئاسية في 2005 والانتخابات البرلمانية في 2010، وإن آليات مراقبة جولة الإعادة هى نفسها التى تم اتباعها فى الجولة الأولى، وهى وجود المراقبين على الأرض وأمام اللجان في مراحل الدعاية والصمت الانتخابي والتصويت والفرز، وأضاف زارع ل"الوطن" أن المخالفة الوحيدة التي يعتبرها جسيمة، هي عودة رجال الحزب الوطني في المنوفية وبعض محافظات الوجه البحري بشكل فعلى وملحوظ؛ حيث لوحظ قيام الحزب بدعاية كبيرة للمرشح أحمد شفيق. وبسؤاله عن شرعية الرئيس القادم قال زارع إن الرئيس القادم سوف يواجه صعوبات كثيرة لأنه لن يأتي بإجماع والتفاف شعبي، حيث إن أعلى حصد للأصوات كان من قبل المرشحين محمد مرسى أحمد شفيق، وهم لم يتجاوزا ربع نسبة المصريين الذين لهم حق الانتخاب.