قال الدكتور محمود غزلان، المتحدث الرسمي لجماعة الإخوان المسلمين: "إن مقر الجماعة الرئيسي بالمقطم كان خاليا لحظة الاعتداء عليه"، نافيا الأنباء التي ترددت حول طلب الجماعة من شبابها إخلاء المقر. وأضاف غزلان، في تصريحات نقلتها بوابة الحرية والعدالة: "أن الجماعة اتصلت قبل المغرب بوزير الداخلية، وأبلغته أن المقر معرض للاقتحام، وطالبوه باتخاذ التدابير اللازمة لحمايته". وأوضح أن الجماعة لا يسعها إلا أن تسلك الطرق القانونية، والتي بدأت بتقديم سلسلة من البلاغات. وقال الدكتور حلمي الجزار، عضو مجلس شورى الإخوان، على قناة "الجزيرة مباشر مصر": "انسحاب قوات الأمن قبل حرق المقر العام للإخوان بالمقطم ثم تأخر وصول قوات المطافئ حتى الآن يشير بأصابع الاتهام بكل وضوح إلى تواطؤ داخل وزارة الداخلية".