بدأت هيئة الأوقاف برئاسة المهندس صلاح الجنيدي، رئيس الهيئة، وأعضاء المجلس، فتح باب النقاش حول التطوير وتغيير شكل المنظومة والهيكل الإداري وتعديل اللوائح وبطاقات المسميات الوظيفية لعدم ملائمة الشكل الحالي مع المشروعات التي تسعى الهيئة لإنجازها، حيث تحكمها لوائح ونظام إداري من عام 72. وتشمل مسألة هيكلة وتطوير الهيئة استحداث مناصب جديدة في الهيئة، وهي نائب رئيس الهيئة لقطاع وجه بحري وآخر لقطاع وجه قبلي وثالث لقطاع القاهرة الكبرى، حيث يتولى كل منهم إدارة قطاعه بشكل مباشر حسب السياسات العامة للهيئة. كما استعان رئيس الهيئة بالدكتور سعيد عبدالعال، عميد كلية التجارة بجامعة الأزهر، والخبير في مجال الإدارة، لوضع تصور لتطوير هيكل الهيئة الإداري. كما تتم دراسة إنشاء كيانات أخرى بناءً على التصور الجديد، للمتابعة الفنية والتنفيذ للقرارات الصادرة وقنوات وشبكة الاتصال، وإدارة للتسويق والمشتريات والاستثمار وأخرى لمنع التعديات وإزالتها، وكذلك تعديل بطاقات المسميات الوظيفية للموظفين بالشكل المناسب للوقت الحالي ويتناول التحديث في اللوائح المادة الأبرز في قانون الهيئة، وهي المادة رقم "3" والتي تنص على أن الهيئة لا تخضع لقوانين الدواوين والهيئات الحكومية في المناقصات والمزايدات والبيع والشراء، والتي لم تفعل حتى الآن، ويدور النقاش حولها لجعل مجلس الإدارة هو الهيئة والجهة الوحيدة المختصة في تحديد التصرف المناسب في جميع القرارات دون التقيد أو الرجوع لقوانين الدواوين الحكومية.