أرجأت لجنة الشؤون الدينية بمجلس النواب، حسم المادة الثانية من مشروع قانون إعادة تنظيم هيئة الأوقاف، لحين نظر مواد القانون الأخرى. وأثارت هذه المادة جدلا كبيرا، وخشى النواب أن يكون النص المقترح بأن "تحل الهيئة محل الوزارة في إدارة أموال الوقف" يحد من اختصاصات وزير الأوقاف وهو "ناظر الوقف". واقترح وزير الأوقاف، الدكتور محمد مختار جمعة، إضافة "تحت إشراف وزير الأوقاف"، بحيث يكون النص "في تطبيق أحكام هذا القانون، تحل هيئة الأوقاف محل وزارة الأوقاف، فيما لها من حقوق وما عليها من التزامات تتعلق بإدارة واستثمار الأموال التي تختص بها بإشراف وزير الأوقاف"، إلا أن اللجنة انتهت إلى التاجيل. من جهته حذر النائب عمر حمروش من أن يكون القانون بداية لفصل "إدارة الأوقاف عن الدعوة".