أكد مجمع البحوث الإسلامية، في بيان له، أنه لا توجد جمعية أهلية باسم "جبهة علماء الأزهر"، وأن مَنْ يدعون وجود جمعية بهذا الاسم لا يمثلون إلا أنفسهم. وأشار البيان إلى أن الأزهر الشريف، كأكبر مؤسسة دينية إسلامية في العالم، يمثله الإمام الأكبر شيخ الأزهر، والهيئات التي يشملها الأزهر الشريف وعلى رأسها هيئة كبار العلماء فقط. وأضاف بيان مجمع البحوث الإسلامية، أن "جبهة علماء الأزهر تأسست عام 1946 كجمعية أهلية، وتم إشهارها لدى وزارة الشؤون الاجتماعية، ونصَّ نظامها الأساسي على أن المقصد العام لهذه الجمعية هو إعزاز الإسلام والمسلمين، ورفع شأن الأزهر والأزهريين، وظلت هذه الجبهة تؤدي عملها كجمعية أهلية على النحو الصحيح، حتى انحرفت عن مسارها، وخرجت عن أغراضها، وبدلًا من أن تعمل على رفع شأن الأزهر والأزهريين أخذت تنال من الرموز الدينية لهذا المجتمع وكبار علمائه، وغير ذلك من المخالفات، وبناءً على ذلك تمَّ حلّ مجلس إدارة هذه الجمعية وتعيين مجلس مؤقت لها بقرار من محافظ القاهرة في 1998، وصدر حكم المحكمة الإدارية العليا بصحة قرار محافظ القاهرة المشار إليه، وهو حكم بات لا يقبل الطعن عليه بأي حال". ولفت البيان إلى أنه تم تغيير اسم هذه الجمعية من "جبهة علماء الأزهر" إلى "الجمعية الخيرية للعاملين في هيئات الأزهر" بتاريخ 8 أبريل عام 1998.