تدرج في المناصب القيادية داخل دولة قطر حتى بات أميرها، وهو في عمر 40 عامًا فقط، ليكون بذلك الأمير السادس للإماراة الخليجية، ليبدأ عهد جديد تميز بالنمو الاقتصادي، وبناء العلاقات الدولية. دخل الأمير الأب خليفة بن حمد آل ثاني، إلى عالم السياسة بعدما كان قائدًا لقوات الأمن ومسؤولاً عن المحاكم المدنية في دولة قطر، إلى أن أصبح نائب حاكم الدولة في 24 أكتوبر 1960، ثم تولى منصب وزير المالية في 5 نوفمبر 1960. وشُكِّلت أول وزارة في دولة قطر طبقًا لأحكام النظام السياسي المؤقت في 29 مايو 1970 التي تولى فيها منصب رئيس الوزراء، بالإضافة إلى منصب وزير البترول مع احتفاظه بمنصبي نائب حاكم الدولة ووزارة المالية. في 3 سبتمبر 1971، أعلن "خليفة" خطاب استقلال قطر عن الاستعمار البريطاني، وملغيًا معاهدة عام 1916، ثم تولى منصب رئيس مجلس استثمار احتياطي الدولة في 21 فبراير 1972. - "ولي العهد الشرعي" اعتبر الشيخ خليفة نفسه ولي العهد الشرعي، بعد وفاة جده عبدالله، الذي جعل ولاية العهد لابنه حمد قبل وفاة الأخير عام 1947 في حياة والده، فتنازل الشيخ عبدالله بن قاسم عن الحكم سنة 1949، إلى ابنه الثاني "علي"، بشرط أن يتولى ابن أخيه خليفة بن حمد ولاية العهد. وظل الشيخ علي يحكم إلى أن تنازل عن الحكم لابنه أحمد عام 1960، وعين ابن عمه خليفة وليًا للعهد، إلا أن الشيخ خليفة لم يرضخ لتنازل عمه علي بن عبدالله لابنه، واعتبر نفسه أحق بالحكم من ابن عمه. وفي 22 فبراير 1972 استطاع الشيخ خليفة بن حمد أن يخلع ابن عمه، ويستولى على السلطة، وتولى مقاليد الحكم في قطر. - "تعديل الدستور" عقب توليه الحكم وسع الحكومة، فعيَّن له وزيرًا للخارجية، ثم عيَّن مستشارًا له في شؤون البلاد اليومية، وفي 19 أبريل عام 1972 عدل الدستور، وزاد عدد الوزراء عندما أنشأ وزارتين الأولى للشئون البلدية والثانية للإعلام وعين وزراء جدد لها. وفي 31 مايو 1977، اختار ابنه حمد بن خليفة وليًا للعهد وأنشأ وزارة الدفاع وعينه وزيرًا للدفاع مع احتفاظه بمنصبه كقائد عام للقوات المسلحة القطرية. في 18 يوليو 1989م أجري تعديلا وزاريًا لأول مرة، خرج به معظم الوزراء السابقون من الوزارة، وأصبحت وزارته تضم 15 وزيرًا. قام بتعديل وزاري آخر في 1 سبتمبر 1992 وأصبح ابنه الشيخ حمد رئيسا للوزراء في وزارة وسعت لتضم 17 وزيرًا. - "نهضة اقتصادية" زاد انتاج قطر من البترول نتيجة لزيادة عدد اتفاقيات الشراكة في الإنتاج والتي وقعتها الحكومة مع عدد من شركات النفط الأجنبية، وقد أبرمت اتفاقيتا مشاركة في الإنتاج مع شركة ستاندارد أويل أف أوهايو في يناير 1985، ومع أموكو في فبراير 1986، كما أبرمت اتفاقية أخرى في يناير 1989 بين قطر وشركة ألف أكتين الفرنسية، كما تم تصدير أول شحنات الغاز الطبيعي في أواسط عام 1991 من حقل الشمال الذي يعتبر ثاني أكبر حقل منفرد للغاز غير المصاحب في العالم، واحتياطيه المثبت حوالي 250 تريليون قدم مكعب، وربما هو 500 تريليون قدم مكعب. - "العازل والمعزول" "كما تُدين تُدان"، جملة انطبقت على الأمير الأب، فكما وصل إلى سُدة الحكم بعزله ابن عمه، عُزل أيضًا من الحكم على يد ابنه الشيخ حمد بن خليفة. في 27 يونيو 1995 تم عزله عن الحكم في انقلاب أبيض قام به ابنه وولي عهده الشيخ حمد بن خليفة آل ثاني، واعتقل 36 من انصاره ثم اتهم بعد شهور من إقصائه عن الحكم بتدبير محاولة انقلابية لاسترداد الحكم، إلا أن تلك المحاولة فشلت، وتم ضبط قياداتها بمن فيهم وزير سابق. عقب عزله عاش فترة خارج قطر بين المملكة العربية السعودية ودولة الإمارات العربية المتحدة وعدة عواصم أوروبية في منفى اختياري لمدة 9 سنوات. وسعيًا للمصالحة داخل الأسرة الحاكمة القطرية، قام أمير قطر السابق الشيخ حمد بن خليفة بزيارات عديدة ومنتظمة لوالده في بعض العواصم الأوروبية، التي كان يتنقل بينها وقام بوقف الدعاوى التي رفعت على الشيخ خليفة وعدد من المسؤولين في عهده، لاسترداد أموال قدرت بمليارات الدولارات. كما كان من مظاهر تلك المصالحة عودة الشيخ محمد بن حمد آل ثاني، عم الشيخ حمد، والذي كان يرافق الأمير المعزول في منفاه، وهي العودة التي تمت سنة 2001. وعاد الشيخ خليفة إلى قطر في يوم الخميس 14 أكتوبر 2004 للمشاركة بتشيع جثمان إحدى زوجاته، وهي الشيخة موزة بن علي بن سعود بن عبد العزيز آل ثاني، التي كانت ترافقه في المنفى في باريس، عن عمر يناهز الخمسين عامًا. وقد استقبله ابنه الشيخ حمد أمير قطر السابق وقد لقب في وسائل الإعلام القطرية ب"الأمير الوالد"، لكنه غاب تمامًا عن الأضواء منذ ذلك الحين دون أي أخبار عنه رغم وجوده في الدوحة، في ظل تسريبات تقول إنه قيد الإقامة الجبرية، حتى أعلنت دولة قطر اليوم وفاته عن عمر ناهز 83 عامًا.
