روى الدكتور أحمد زويل بداية أزمة جامعة النيل، قائلا إن الأرض المقامة عليها الآن جامعة النيل هي نفسها الأرض التي وضعت بها حجر الأساس مع رئيس الوزراء الأسبق الدكتور عاطف عبيد، لإنشاء مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا وذلك في تاريخ 1 يناير 2001. وأضاف خلال لقائه الصحفي بالمقر الإداري لمدينة زويل بجاردن سيتي، أن هذه الأرض مساحتها 300 متر، وأن المشروع تم التضييق عليه من النظام السابق حتى عام 2006 عندما قرر الدكتور أحمد نظيف رئيس الوزراء الأسبق، أن يحصل على 127 فدانا من الأرض بالتعاون مع وزير الاتصالات وقتها دكتور طارق كامل، لإنشاء جامعة النيل، ثم يتم تحويلها من جامعة خاصة إلى جامعة أهلية ليستطيعوا استخدام تلك المبانى التي صرفت تكلفة بنائها من ميزانية الدولة. وتابع أنه خلال كل المدة الماضية لم تستغل جامعة النيل هذه المباني نهائيا وكانوا يدرسون في القرية الذكية، إلا مرة واحدة عندما أقيم حفلا والتقطوا الصور التذكارية هناك، وفي مايو 2011 بعد ثورة 25 يناير، اتصل الدكتور عصام شرف رئيس الوزراء الأسبق بالدكتور زويل وقال له أن المشروع القومي للنهضة عاد إلى الدولة ويمكن أن تبدأ مدينة زويل ممارسة عملها. واستطرد أن الدولة اكتشفت مخالفات مالية قيمتها 450 مليون جنيه صرفتها وزارة الاتصالات لبناء المبنيان التابعين لجامعة النيل، وتساءل أين كانت جامعة النيل وإدارتها منذ التنازل عن المباني للحكومة المصرية في فبراير 2011، وحتى قررت الدولة إعادة الأرض لمشروع النهضة القومي. وأكد أنه عقد حوالي 4 لقاءات مع إدارة جامعة النيل، وتم وضع وثيقة بتوقيع وزير التعليم العالي، والدكتور محمد غنيم عضو مجلس أمناء جامعة زويل، ورئيس جامعة النيل الكتور طارق خليل، واثنين من نوابه، وتنص الوثيقة على الاندماج بين جامعة النيل ومدينة زويل، هذا بخلاف مساعدة الطلاب وتقديم يد العون لهم للدراسة في المدينة وعمل الأبحاث، لكنهم "رجعوا في كلامهم". ووعد زويل أنه على استعداد أن يساعد جامعة النيل بالأراضي وكل ما يلزمها من أجهزة وغير ذلك، في حال استطاعوا أن يتحولوا من جامعة خاصة إلى جامعة أهلية، مشددا على أنه "ليس له أي مصلحة من مدينة زويل لأنه حقق المجد الخاص به، وهذا المشروع غير الهادف للربح يخدم الشعب المصري". ولفت إلى أنه عاش في أمريكا 40 عاما، لم يشتكيه شخص، إنما في "بلدي" اختصمتني إدارة جامعة النيل مع الرئيس ورئيس الوزراء ووزير التعليم العالي في قضية، ونعتني الطلاب بألفاظ نابية الأسبوع الماضي عند وضع حجر الأساس في معهد حلمي للعلوم مع رئيس الوزراء هشام قنديل. وفي سياق متصل، أوضح أنه من المقرر أن تبدأ جامعة النيل في سبتمبر المقبل العام الدراسي الأول لها، على أن يكون عدد الطلاب 300 طالب وطالبة، هذا بخلاف السماح للباحثين الانضمام إلى الدراسة بالجامعة. وأشار إلى أنه سافر إلى عدة دول حول العالم منها أمريكا وأوروبا واليابان لإقناع العلماء المصريين بالعودة إلى مصر لعمل أبحاثهم في المدينة، وأنه استطاع أن جمع 150 باحثا وعالما وإداريا حتى الآن، بينهم 7 علماء حاصلين على جائزة نوبل. وفيما يخص اسم "مشروع النهضة القومي"، أكد أنه ليس له أي علاقة بمشروع النهضة الخاص ببرنامج الرئيس محمد مرسي وجماعة الإخوان المسلمين، لكن هذه التسمية تعود إلى عام 2006 عندما تمت الموافقة على المشروع للمرة الأولى. وعن دعم الدكتور محمد مرسي رئيس الجمهورية لمدينة زويل، خاصة بعد إصدار قانون ينظم العمل في المدينة الشهر الماضي ولم ينتظر حتي ينتخب البرلمان الجديد، أوضح أن هذا راجع من إيمانه وثقته بأهمية المشروع، وهو أساس للهضة القومية للإنتاج، لذلك تحمس له. ودافع عن مقاله الأخير الذي كتبه في جريدة "نيويورك تايمز" بأنه لم يجامل الإخوان المسلمين، نافيا أن تتحول مصر إلى دولة علمانية، وأنها ستظل دولة عقيدة كما كانت منذ حكم "إخناتون".